metaFlye: scalable long-read metagenome assembly using repeat graphs

Kolmogorov, M., Bickhart, D. M., Behsaz, B., Гуревич, А. А., Райко, М. П., Shin, S. B., Kuhn, K., Yuan, J., Polevikov, E., Smith, T. P. L. & Певзнер, П. А., 1 ноя 2020, в: Nature Methods. 17, 11, стр. 1103-1110 8 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Feature-based molecular networking in the GNPS analysis environment

Nothias, L. F., Petras, D., Schmid, R., Dührkop, K., Rainer, J., Sarvepalli, A., Protsyuk, I., Ernst, M., Tsugawa, H., Fleischauer, M., Aicheler, F., Aksenov, A. A., Alka, O., Allard, P. M., Barsch, A., Cachet, X., Caraballo-Rodriguez, A. M., Da Silva, R. R., Dang, T., Garg, N. еще 30, Gauglitz, J. M., Gurevich, A., Isaac, G., Jarmusch, A. K., Kameník, Z., Kang, K. B., Kessler, N., Koester, I., Korf, A., Le Gouellec, A., Ludwig, M., Martin H, C., McCall, L. I., McSayles, J., Meyer, S. W., Mohimani, H., Morsy, M., Moyne, O., Neumann, S., Neuweger, H., Nguyen, N. H., Nothias-Esposito, M., Paolini, J., Phelan, V. V., Pluskal, T., Quinn, R. A., Rogers, S., Shrestha, B., Tripathi, A. & van der Hooft, J. J. J., сен 2020, в: Nature Methods. 17, 9, стр. 905-908 4 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

TandemTools: mapping long reads and assessing/improving assembly quality in extra-long tandem repeats

Mikheenko, A., Bzikadze, A., Gurevich, A., Miga, K. & Певзнер, П. А., 1 июл 2020, в: Bioinformatics. 36, 1, стр. i75–i83

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

De Novo Peptide Sequencing Reveals Many Cyclopeptides in the Human Gut and Other Environments

Behsaz, B., Mohimani, H., Gurevich, A., Prjibelski, A., Fisher, M. F., Vargas, F., Smarr, L., Dorrestein, P. C., Mylne, J. S. & Pevzner, P. A., 18 дек 2019, (Электронная публикация перед печатью) в: Cell Systems.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

MetaMiner: A Scalable Peptidogenomics Approach for Discovery of Ribosomal Peptide Natural Products with Blind Modifications from Microbial Communities

Cao, L., Gurevich, A., Alexander, K. L., Naman, C. B., Leão, T., Glukhov, E., Luzzatto-Knaan, T., Vargas, F., Quinn, R., Bouslimani, A., Nothias, L. F., Singh, N. K., Sanders, J. G., Benitez, R. A. S., Thompson, L. R., Hamid, M. N., Morton, J. T., Mikheenko, A., Shlemov, A., Korobeynikov, A. еще 8, Friedberg, I., Knight, R., Venkateswaran, K., Gerwick, W. H., Gerwick, L., Dorrestein, P. C., Pevzner, P. A. & Mohimani, H., 18 дек 2019, в: Cell Systems. 9, 6, стр. 600-608.e4 13 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

NPS: scoring and evaluating the statistical significance of peptidic natural product–spectrum matches

Tagirdzhanov, A. M., Shlemov, A. & Gurevich, A., 15 июл 2019, в: Bioinformatics. 35, 14, стр. I315-I323 9 стр., btz374.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Dereplication of microbial metabolites through database search of mass spectra

Mohimani, H., Гуревич, А. А., Шлемов, А. Ю., Михеенко, А. А., Коробейников, А. И., Cao, L., Щербин, Е., Nothias, L-F., Dorrestein, P. C. & Певзнер, П. А., 1 дек 2018, в: Nature Communications. 9, 1, 12 стр., 4035.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Versatile genome assembly evaluation with QUAST-LG

Mikheenko, A., Prjibelski, A., Saveliev, V., Antipov, D. & Gurevich, A., 1 июл 2018, в: Bioinformatics. 34, 13, стр. i142-i150 9 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Increased diversity of peptidic natural products revealed by modification-tolerant database search of mass spectra

Гуревич, А. А., Михеенко, А. А., Шлемов, А. Ю., Коробейников, А. И., Mohimani, H. & Певзнер, П. А., 1 мар 2018, в: Nature Microbiology. 3, 3, стр. 319-327 9 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование