WebQUAST: online evaluation of genome assemblies

Михеенко, А. А., Савельев, В. В., Hirsch, P. & Гуревич, А. А., 17 мая 2023, в: Nucleic Acids Research. 51, W1, стр. 601-606 6 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

NPOmix: a machine learning classifier to connect mass spectrometry fragmentation data to biosynthetic gene clusters

Leão, T. F., Wang, M., da Silva, R., Gurevich, A., Bauermeister, A., Gomes, P. W. P., Brejnrod, A., Glukhov, E., Aron, A. T., Louwen, J. J. R., Kim, H. W., Reher, R., Fiore, M. F., van der Hooft, J. J. J., Gerwick, L., Gerwick, W. H., Bandeira, N. & Dorrestein, P. C., 26 ноя 2022, (Электронная публикация перед печатью) в: PNAS Nexus. pgac257.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Critical Assessment of Metagenome Interpretation: the second round of challenges

Meyer, F., Fritz, A., Deng, Z. L., Koslicki, D., Lesker, T. R., Gurevich, A., Robertson, G., Alser, M., Antipov, D., Beghini, F., Bertrand, D., Brito, J. J., Brown, C. T., Buchmann, J., Buluç, A., Chen, B., Chikhi, R., Clausen, P. T. L. C., Cristian, A., Dabrowski, P. W. еще 83, Darling, A. E., Egan, R., Eskin, E., Georganas, E., Goltsman, E., Gray, M. A., Hansen, L. H., Hofmeyr, S., Huang, P., Irber, L., Jia, H., Jørgensen, T. S., Kieser, S. D., Klemetsen, T., Kola, A., Kolmogorov, M., Korobeynikov, A., Kwan, J., LaPierre, N., Lemaitre, C., Li, C., Limasset, A., Malcher-Miranda, F., Mangul, S., Marcelino, V. R., Marchet, C., Marijon, P., Meleshko, D., Mende, D. R., Milanese, A., Nagarajan, N., Nissen, J., Nurk, S., Oliker, L., Paoli, L., Peterlongo, P., Piro, V. C., Porter, J. S., Rasmussen, S., Rees, E. R., Reinert, K., Renard, B., Robertsen, E. M., Rosen, G. L., Ruscheweyh, H. J., Sarwal, V., Segata, N., Seiler, E., Shi, L., Sun, F., Sunagawa, S., Sørensen, S. J., Thomas, A., Tong, C., Trajkovski, M., Tremblay, J., Uritskiy, G., Vicedomini, R., Wang, Z., Wang, Z., Wang, Z., Warren, A., Willassen, N. P., Yelick, K., You, R., Zeller, G., Zhao, Z., Zhu, S., Zhu, J., Garrido-Oter, R., Gastmeier, P., Hacquard, S., Häußler, S., Khaledi, A., Maechler, F., Mesny, F., Radutoiu, S., Schulze-Lefert, P., Smit, N., Strowig, T., Bremges, A., Sczyrba, A. & McHardy, A. C., 8 апр 2022, в: Nature Methods. 19, 4, стр. 429-440 12 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Selected abstracts of Bioinformatics: from Algorithms to Applications 2021 Conference: Computational prediction of biological activities of peptidic natural products

Садовская, А. Р. & Гуревич, А. А., 22 дек 2021, в: BMC Bioinformatics.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › тезисы

Nerpa: A tool for discovering biosynthetic gene clusters of bacterial nonribosomal peptides

Kunyavskaya, O., Tagirdzhanov, A. M., Caraballo-Rodríguez, A. M., Nothias, L. F., Dorrestein, P. C., Korobeynikov, A., Mohimani, H. & Gurevich, A., 11 окт 2021, в: Metabolites. 11, 10, 20 стр., 693.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

MolDiscovery: learning mass spectrometry fragmentation of small molecules

Cao, L., Guler, M., Tagirdzhanov, A., Lee, Y. Y., Gurevich, A. & Mohimani, H., 17 июн 2021, в: Nature Communications. 12, 1, 13 стр., 3718.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Integrating genomics and metabolomics for scalable non-ribosomal peptide discovery

Behsaz, B., Bode, E., Gurevich, A., Shi, Y. N., Grundmann, F., Acharya, D., Caraballo-Rodríguez, A. M., Bouslimani, A., Panitchpakdi, M., Linck, A., Guan, C., Oh, J., Dorrestein, P. C., Bode, H. B., Pevzner, P. A. & Mohimani, H., 28 мая 2021, в: Nature Communications. 12, 1, 17 стр., 3225.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Tutorial: assessing metagenomics software with the CAMI benchmarking toolkit

Meyer, F., Lesker, T-R., Koslicki, D., Fritz, A., Гуревич, А. А., Darling, A. E., Sczyrba, A., Bremges, A. & McHardy, A. C., апр 2021, в: Nature Protocols. 16, 4, стр. 1785-1801 17 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › Обзорная статья › Рецензирование

A Multi-Omics Characterization of the Natural Product Potential of Tropical Filamentous Marine Cyanobacteria

Leão, T., Wang, M., Moss, N., da Silva, R., Sanders, J., Nurk, S., Gurevich, A., Humphrey, G., Reher, R., Zhu, Q., Belda-Ferre, P., Glukhov, E., Whitner, S., Alexander, K. L., Rex, R., Pevzner, P., Dorrestein, P. C., Knight, R., Bandeira, N., Gerwick, W. H. еще 1, Gerwick, L., 6 янв 2021, в: Marine Drugs. 19, 1, 16 стр., 20.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование