1 - 22 из 22Размер страницы: 100
Сортировать по:: Год публикации
  1. 2022

  2. viralFlye: assembling viruses and identifying their hosts from long-read metagenomics data

    Antipov, D., Rayko, M., Kolmogorov, M. & Pevzner, P. A., дек 2022, в: Genome Biology. 23, 1, 57.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

  3. Varidnaviruses in the Human Gut: A Major Expansion of the Order Vinavirales

    Yutin, N., Rayko, M., Antipov, D., Mutz, P., Wolf, Y. I., Krupovic, M. & Koonin, E. V., 23 авг 2022, в: Viruses. 14, 9, 1842.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

  4. Multiplex de Bruijn graphs enable genome assembly from long, high-fidelity reads

    Bankevich, A., Bzikadze, A. V., Kolmogorov, M., Antipov, D. & Pevzner, P. A., июл 2022, в: Nature Biotechnology. 40, 7, стр. 1075-1081 7 стр.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

  5. Critical Assessment of Metagenome Interpretation: the second round of challenges

    Meyer, F., Fritz, A., Deng, Z. L., Koslicki, D., Lesker, T. R., Gurevich, A., Robertson, G., Alser, M., Antipov, D., Beghini, F., Bertrand, D., Brito, J. J., Brown, C. T., Buchmann, J., Buluç, A., Chen, B., Chikhi, R., Clausen, P. T. L. C., Cristian, A., Dabrowski, P. W. еще 83, Darling, A. E., Egan, R., Eskin, E., Georganas, E., Goltsman, E., Gray, M. A., Hansen, L. H., Hofmeyr, S., Huang, P., Irber, L., Jia, H., Jørgensen, T. S., Kieser, S. D., Klemetsen, T., Kola, A., Kolmogorov, M., Korobeynikov, A., Kwan, J., LaPierre, N., Lemaitre, C., Li, C., Limasset, A., Malcher-Miranda, F., Mangul, S., Marcelino, V. R., Marchet, C., Marijon, P., Meleshko, D., Mende, D. R., Milanese, A., Nagarajan, N., Nissen, J., Nurk, S., Oliker, L., Paoli, L., Peterlongo, P., Piro, V. C., Porter, J. S., Rasmussen, S., Rees, E. R., Reinert, K., Renard, B., Robertsen, E. M., Rosen, G. L., Ruscheweyh, H. J., Sarwal, V., Segata, N., Seiler, E., Shi, L., Sun, F., Sunagawa, S., Sørensen, S. J., Thomas, A., Tong, C., Trajkovski, M., Tremblay, J., Uritskiy, G., Vicedomini, R., Wang, Z., Wang, Z., Wang, Z., Warren, A., Willassen, N. P., Yelick, K., You, R., Zeller, G., Zhao, Z., Zhu, S., Zhu, J., Garrido-Oter, R., Gastmeier, P., Hacquard, S., Häußler, S., Khaledi, A., Maechler, F., Mesny, F., Radutoiu, S., Schulze-Lefert, P., Smit, N., Strowig, T., Bremges, A., Sczyrba, A. & McHardy, A. C., 8 апр 2022, в: Nature Methods. 19, 4, стр. 429-440 12 стр.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

  6. 2021

  7. Analysis of metagenome-assembled viral genomes from the human gut reveals diverse putative CrAss-like phages with unique genomic features

    Yutin, N., Benler, S., Shmakov, S. A., Wolf, Y. I., Tolstoy, I., Rayko, M., Antipov, D., Pevzner, P. A. & Koonin, E. V., дек 2021, в: Nature Communications. 12, 1, 11 стр., 1044.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

  8. Thousands of previously unknown phages discovered in whole-community human gut metagenomes

    Benler, S., Yutin, N., Antipov, D., Rayko, M., Shmakov, S., Gussow, A. B., Pevzner, P. & Koonin, E. V., дек 2021, в: Microbiome. 9, 1, 17 стр., 78.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

  9. 2020

  10. Black cat in a dark room: search for new viruses in metagenomes

    Яковлева, Ю. А., Забелкин, А., Сказина, М. А., Калтович, А., Антипов, Д. Ю. & Райко, М. П., 17 дек 2020, в: BMC Bioinformatics. 21, Suppl.20

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › тезисы › Рецензирование

  11. Extending rnaSPAdes functionality for hybrid transcriptome assembly

    Prjibelski, A. D., Puglia, G. D., Antipov, D., Bushmanova, E., Giordano, D., Mikheenko, A., Vitale, D. & Lapidus, A., 24 июл 2020, в: BMC Bioinformatics. 21, Suppl 12, стр. 302 9 стр., 302.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

  12. SPAligner: Alignment of long diverged molecular sequences to assembly graphs

    Dvorkina, T., Antipov, D., Korobeynikov, A. & Nurk, S., 24 июл 2020, в: BMC Bioinformatics. 21, Suppl 12, 306.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

  13. METAVIRALSPADES: assembly of viruses from metagenomic data

    Antipov, D., Raiko, M., Lapidus, A. & Pevzner, P. A., 15 июл 2020, в: Bioinformatics. 36, 14, стр. 4126-4129 4 стр.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

  14. Using SPAdes De Novo Assembler

    Prjibelski, A., Antipov, D., Meleshko, D., Lapidus, A. & Korobeynikov, A., 19 июн 2020, в: Current Protocols in Bioinformatics. 70, 1, e102.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

  15. 2019

  16. Extending rnaSPAdes functionality for hybrid transcriptome assembly

    Prjibelski, A., Bushmanova, E., Giordano, D., Mikheenko, A., Puglia, G., Antipov, D., Viatale, D. & Lapidus, A., 8 ноя 2019, в: BMC Bioinformatics. 20, S17, 2 стр., O9.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › тезисы › Рецензирование

  17. RnaSPAdes: A de novo transcriptome assembler and its application to RNA-Seq data

    Bushmanova, E., Antipov, D., Lapidus, A. & Prjibelski, A. D., 18 сен 2019, в: GigaScience. 8, 9, 13 стр., giz100.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

  18. Plasmid detection and assembly in genomic and metagenomic datasets

    Antipov, D., Raiko, M., Lapidus, A. & Pevzner, P. A., 1 янв 2019, в: Genome Research. 29, 6, стр. 961-968 8 стр.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

  19. 2018

  20. Versatile genome assembly evaluation with QUAST-LG

    Mikheenko, A., Prjibelski, A., Saveliev, V., Antipov, D. & Gurevich, A., 1 июл 2018, в: Bioinformatics. 34, 13, стр. i142-i150 9 стр.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

  21. 2016

  22. PlasmidSPAdes: Assembling plasmids from whole genome sequencing data

    Antipov, D., Hartwick, N., Shen, M., Raiko, M., Lapidus, A. & Pevzner, P. A., 15 ноя 2016, в: Bioinformatics. 32, 22, стр. 3380-3387 8 стр.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

  23. RnaQUAST: A quality assessment tool for de novo transcriptome assemblies

    Bushmanova, E., Antipov, D., Lapidus, A., Suvorov, V. & Prjibelski, A. D., 15 июл 2016, в: Bioinformatics. 32, 14, стр. 2210-2212 3 стр.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

  24. HybridSPAdes: An algorithm for hybrid assembly of short and long reads

    Antipov, D., Korobeynikov, A., McLean, J. S. & Pevzner, P. A., 1 апр 2016, в: Bioinformatics. 32, 7, стр. 1009-1015 7 стр.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

  25. 2013

  26. Assembling genomes and mini-metagenomes from highly chimeric reads

    Nurk, S., Bankevich, A., Antipov, D., Gurevich, A., Korobeynikov, A., Lapidus, A., Prjibelsky, A., Pyshkin, A., Sirotkin, A., Sirotkin, Y., Stepanauskas, R., McLean, J., Lasken, R., Clingenpeel, S. R., Woyke, T., Tesler, G., Alekseyev, M. A. & Pevzner, P. A., 2013, Research in Computational Molecular Biology - 17th Annual International Conference, RECOMB 2013, Proceedings. стр. 158-170 13 стр. (Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics); том 7821 LNBI).

    Результаты исследований: Публикации в книгах, отчётах, сборниках, трудах конференций › статья в сборнике материалов конференции › научная › Рецензирование

  27. Pathset graphs: a novel approach for comprehensive utilization of paired reads in genome assembly

    Pham, S. K., Antipov, D., Sirotkin, A., Tesler, G., Pevzner, P. A. & Alekseyev, M. A., 2013, в: Journal of Computational Biology. 20, 4, стр. 359-371

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья

  28. 2012

  29. SPAdes: A new genome assembly algorithm and its applications to single-cell sequencing

    Bankevich, A., Nurk, S., Antipov, D., Gurevich, A. A., Dvorkin, M., Kulikov, A. S., Lesin, V. M., Nikolenko, S. I., Pham, S., Prjibelski, A. D., Pyshkin, A. V., Sirotkin, A. V., Vyahhi, N., Tesler, G., Alekseyev, M. A. & Pevzner, P. A., 1 мая 2012, в: Journal of Computational Biology. 19, 5, стр. 455-477 23 стр.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

  30. Pathset graphs: A novel approach for comprehensive utilization of paired reads in genome assembly

    Pham, S. K., Antipov, D., Sirotkin, A., Tesler, G., Pevzner, P. A. & Alekseyev, M. A., 2012, Research in Computational Molecular Biology - 16th Annual International Conference, RECOMB 2012, Proceedings. стр. 200-212 13 стр. (Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics); том 7262 LNBI).

    Результаты исследований: Публикации в книгах, отчётах, сборниках, трудах конференций › статья в сборнике материалов конференции › научная › Рецензирование

ID: 191825