viralFlye: assembling viruses and identifying their hosts from long-read metagenomics data

Antipov, D., Rayko, M., Kolmogorov, M. & Pevzner, P. A., дек 2022, в: Genome Biology. 23, 1, 57.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Varidnaviruses in the Human Gut: A Major Expansion of the Order Vinavirales

Yutin, N., Rayko, M., Antipov, D., Mutz, P., Wolf, Y. I., Krupovic, M. & Koonin, E. V., 23 авг 2022, в: Viruses. 14, 9, 1842.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Multiplex de Bruijn graphs enable genome assembly from long, high-fidelity reads

Bankevich, A., Bzikadze, A. V., Kolmogorov, M., Antipov, D. & Pevzner, P. A., июл 2022, в: Nature Biotechnology. 40, 7, стр. 1075-1081 7 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Critical Assessment of Metagenome Interpretation: the second round of challenges

Meyer, F., Fritz, A., Deng, Z. L., Koslicki, D., Lesker, T. R., Gurevich, A., Robertson, G., Alser, M., Antipov, D., Beghini, F., Bertrand, D., Brito, J. J., Brown, C. T., Buchmann, J., Buluç, A., Chen, B., Chikhi, R., Clausen, P. T. L. C., Cristian, A., Dabrowski, P. W. еще 83, Darling, A. E., Egan, R., Eskin, E., Georganas, E., Goltsman, E., Gray, M. A., Hansen, L. H., Hofmeyr, S., Huang, P., Irber, L., Jia, H., Jørgensen, T. S., Kieser, S. D., Klemetsen, T., Kola, A., Kolmogorov, M., Korobeynikov, A., Kwan, J., LaPierre, N., Lemaitre, C., Li, C., Limasset, A., Malcher-Miranda, F., Mangul, S., Marcelino, V. R., Marchet, C., Marijon, P., Meleshko, D., Mende, D. R., Milanese, A., Nagarajan, N., Nissen, J., Nurk, S., Oliker, L., Paoli, L., Peterlongo, P., Piro, V. C., Porter, J. S., Rasmussen, S., Rees, E. R., Reinert, K., Renard, B., Robertsen, E. M., Rosen, G. L., Ruscheweyh, H. J., Sarwal, V., Segata, N., Seiler, E., Shi, L., Sun, F., Sunagawa, S., Sørensen, S. J., Thomas, A., Tong, C., Trajkovski, M., Tremblay, J., Uritskiy, G., Vicedomini, R., Wang, Z., Wang, Z., Wang, Z., Warren, A., Willassen, N. P., Yelick, K., You, R., Zeller, G., Zhao, Z., Zhu, S., Zhu, J., Garrido-Oter, R., Gastmeier, P., Hacquard, S., Häußler, S., Khaledi, A., Maechler, F., Mesny, F., Radutoiu, S., Schulze-Lefert, P., Smit, N., Strowig, T., Bremges, A., Sczyrba, A. & McHardy, A. C., 8 апр 2022, в: Nature Methods. 19, 4, стр. 429-440 12 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Analysis of metagenome-assembled viral genomes from the human gut reveals diverse putative CrAss-like phages with unique genomic features

Yutin, N., Benler, S., Shmakov, S. A., Wolf, Y. I., Tolstoy, I., Rayko, M., Antipov, D., Pevzner, P. A. & Koonin, E. V., дек 2021, в: Nature Communications. 12, 1, 11 стр., 1044.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Thousands of previously unknown phages discovered in whole-community human gut metagenomes

Benler, S., Yutin, N., Antipov, D., Rayko, M., Shmakov, S., Gussow, A. B., Pevzner, P. & Koonin, E. V., дек 2021, в: Microbiome. 9, 1, 17 стр., 78.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Black cat in a dark room: search for new viruses in metagenomes

Яковлева, Ю. А., Забелкин, А., Сказина, М. А., Калтович, А., Антипов, Д. Ю. & Райко, М. П., 17 дек 2020, в: BMC Bioinformatics. 21, Suppl.20

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › тезисы › Рецензирование

Extending rnaSPAdes functionality for hybrid transcriptome assembly

Prjibelski, A. D., Puglia, G. D., Antipov, D., Bushmanova, E., Giordano, D., Mikheenko, A., Vitale, D. & Lapidus, A., 24 июл 2020, в: BMC Bioinformatics. 21, Suppl 12, стр. 302 9 стр., 302.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

SPAligner: Alignment of long diverged molecular sequences to assembly graphs

Dvorkina, T., Antipov, D., Korobeynikov, A. & Nurk, S., 24 июл 2020, в: BMC Bioinformatics. 21, Suppl 12, 306.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

METAVIRALSPADES: assembly of viruses from metagenomic data

Antipov, D., Raiko, M., Lapidus, A. & Pevzner, P. A., 15 июл 2020, в: Bioinformatics. 36, 14, стр. 4126-4129 4 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование