Accurate isoform discovery with IsoQuant using long reads

Prjibelski, A. D., Lapidus, A. L., Joglekar, A., Smetanin, A., Mikheenko, A., Jarroux, J. & Tilgner, H. U., июл 2023, в: Nature Biotechnology. 41, 7, стр. 915-918 4 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

WebQUAST: online evaluation of genome assemblies

Михеенко, А. А., Савельев, В. В., Hirsch, P. & Гуревич, А. А., 17 мая 2023, в: Nucleic Acids Research. 51, W1, стр. 601-606 6 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Fast and accurate mapping of long reads to complete genome assemblies with VerityMap

Bzikadze, A., Mikheenko, A. & Певзнер, П. А., 15 ноя 2022, (Электронная публикация перед печатью) в: Genome Research.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Single-nuclei isoform RNA sequencing unlocks barcoded exon connectivity in frozen brain tissue

Hardwick, S. A., Hu, W., Joglekar, A., Fan, L., Collier, P. G., Foord, C., Balacco, J., Lanjewar, S., Sampson, M. M. G., Koopmans, F., Prjibelski, A. D., Mikheenko, A., Belchikov, N., Jarroux, J., Lucas, A. B., Palkovits, M., Luo, W., Milner, T. A., Ndhlovu, L. C., Smit, A. B. еще 10, Trojanowski, J. Q., Lee, V. M. Y., Fedrigo, O., Sloan, S. A., Tombácz, D., Ross, M. E., Jarvis, E., Boldogkői, Z., Gan, L. & Tilgner, H. U., июл 2022, в: Nature Biotechnology. 40, 7, стр. 1082-1092 11 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Chasing perfection: validation and polishing strategies for telomere-to-telomere genome assemblies

Mc Cartney, A. M., Shafin, K., Alonge, M., Bzikadze, A. V., Formenti, G., Fungtammasan, A., Howe, K., Jain, C., Koren, S., Logsdon, G. A., Miga, K. H., Mikheenko, A., Paten, B., Shumate, A., Soto, D. C., Sović, I., Wood, J. M. D., Zook, J. M., Phillippy, A. M. & Rhie, A., июн 2022, в: Nature Methods. 19, 6, стр. 687-695 9 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

IsoQuant: a tool for accurate novel isoform discovery with long reads

Prjibelski, A., Mikheenko, A., Joglekar, A., Smetanin, A., Jarroux, J., Lapidus, A. & Tilgner, H. U., 26 апр 2022, (Электронная публикация перед печатью) в: Nature Biotechnology.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Complete genomic and epigenetic maps of human centromeres

T2T consortium, 1 апр 2022, в: Science. 376, 6588, eabl4178.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Sequencing of individual barcoded cDNAs using Pacific Biosciences and Oxford Nanopore Technologies reveals platform-specific error patterns

Mikheenko, A., Prjibelski, A. D., Joglekar, A. & Tilgner, H. U., 1 апр 2022, в: Genome Research. 32, 4, стр. 726-737 12 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

The structure, function and evolution of a complete human chromosome 8

Logsdon, G. A., Vollger, M. R., Hsieh, P. H., Mao, Y., Liskovykh, M. A., Koren, S., Nurk, S., Mercuri, L., Dishuck, P. C., Rhie, A., de Lima, L. G., Dvorkina, T., Porubsky, D., Harvey, W. T., Mikheenko, A., Kremitzki, M., Graves-Lindsay, T. A., Jain, C., Hoekzema, K., Murali, S. C. еще 11, Munson, K. M., Baker, C., Sorensen, M., Lewis, A. M., Surti, U., Gerton, J. L., Larionov, V., Ventura, M., Miga, K. H., Phillippy, A. M. & Eichler, E. E., 6 мая 2021, в: Nature. 593, 7857, стр. 101-107 7 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Extending rnaSPAdes functionality for hybrid transcriptome assembly

Prjibelski, A. D., Puglia, G. D., Antipov, D., Bushmanova, E., Giordano, D., Mikheenko, A., Vitale, D. & Lapidus, A., 24 июл 2020, в: BMC Bioinformatics. 21, Suppl 12, стр. 302 9 стр., 302.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование