Research output: Contribution to journal › Article
Тандемные повторы в геноме свиньи Sus scrofa, их локализация в хромосомах и ядрах клеток сперматогенного ряда. / Иванова, Н.Г.; Стефанова, В.Н.; Остромышенский, Д.И.; Подгорная, О.И.
In: ГЕНЕТИКА, Vol. 55, No. 7, 2019, p. 798-810.Research output: Contribution to journal › Article
}
TY - JOUR
T1 - Тандемные повторы в геноме свиньи Sus scrofa, их локализация в хромосомах и ядрах клеток сперматогенного ряда.
AU - Иванова, Н.Г.
AU - Стефанова, В.Н.
AU - Остромышенский, Д.И.
AU - Подгорная, О.И.
PY - 2019
Y1 - 2019
N2 - Методы биоинформатики позволяют найти и аннотировать большие тандемные повторы (ТП) в сборках геномов разных организмов. В настоящей работе анализировали геномную сборку свиньи Sus scrofa (в базе данных NCBI Sscrofa10.2) и выявили набор ТП, характерных для вида, а также картировали некоторые из них методом FISH на метафазных хромосомах с помощью рассчитанных нами коротких олигонуклеотидных зондов (Sscrf_335A, Sscrf_243A, Sscrf_15A, Sscrf_50A). Все ТП, присутствующие в базе данных Repbase для свиньи, выявляются с помощью биоинформатических методов, но кроме них найдено еще 18 новых семейств ТП в сборке Sscrofa10.2. Набор найденных ТП в сборке Sscrofa10.2 по сравнению с человеком и мышью отличается бóльшей длиной мономеров. Зонды Sscrf_15А и Sscrf_243А выявляют набор акроцентрических (Ас) хромосом, зонд Sscrf_50А – набор суб/метацентрических (Мс) хромосом, зонд Sscrf_335А метит все хромосомы. Использовали зонды для того, чтобы проследить за укладкой центромерного района при сперматогенезе. При использовании все
AB - Методы биоинформатики позволяют найти и аннотировать большие тандемные повторы (ТП) в сборках геномов разных организмов. В настоящей работе анализировали геномную сборку свиньи Sus scrofa (в базе данных NCBI Sscrofa10.2) и выявили набор ТП, характерных для вида, а также картировали некоторые из них методом FISH на метафазных хромосомах с помощью рассчитанных нами коротких олигонуклеотидных зондов (Sscrf_335A, Sscrf_243A, Sscrf_15A, Sscrf_50A). Все ТП, присутствующие в базе данных Repbase для свиньи, выявляются с помощью биоинформатических методов, но кроме них найдено еще 18 новых семейств ТП в сборке Sscrofa10.2. Набор найденных ТП в сборке Sscrofa10.2 по сравнению с человеком и мышью отличается бóльшей длиной мономеров. Зонды Sscrf_15А и Sscrf_243А выявляют набор акроцентрических (Ас) хромосом, зонд Sscrf_50А – набор суб/метацентрических (Мс) хромосом, зонд Sscrf_335А метит все хромосомы. Использовали зонды для того, чтобы проследить за укладкой центромерного района при сперматогенезе. При использовании все
KW - chromatin organization
KW - spermFISH.
KW - tandem repeat
KW - организация хроматина
KW - тандемные повторы
KW - chromatin organization
KW - spermFISH.
KW - tandem repeat
KW - организация хроматина
KW - тандемные повторы
M3 - статья
VL - 55
SP - 798
EP - 810
JO - ГЕНЕТИКА
JF - ГЕНЕТИКА
SN - 0016-6758
IS - 7
ER -
ID: 78622968