Анализ основных положений транспортной реформы в ряде российских мегаполисов - Москве, Санкт-Петербурге и Екатеринбурге - позволяет сделать вывод о том, что они не всегда соответствуют системному подходу к определению города и роли транспорта в этой системе. На основании анализа современных исследований на данную тему и анализа международного опыта в статье сделан вывод о необходимости учитывать не только прямое влияние выбранных инструментов транспортной политики, но и их косвенное воздействие на такие элементы города, как экономика, экология, общество и территориальное планирование. Проведенное исследование позволило установить основные взаимосвязи между транспортом и указанными элементами города. С учетом выявленных закономерностей, связывающих изменения в городской транспортной системе с развитием элементов города, были проанализированы возможные последствия принятия тех или иных решений в сфере транспорта, которые важны при разработке транспортной реформы. В статье сделан вывод о том, что в программу транспортной реформы следует включать целевые показатели развития транспортной системы, а также принимать во внимание возможные изменения в иных сферах - экономике, экологии, обществе и территориальном планировании.