TY - JOUR

T1 - Diversity of PsSym29 and PsNRLK1 genes in the VIR germplasm collection of pea (Pisum sativum L.)

AU - Жуков, Владимир Александрович

AU - Жернаков, Александр Игоревич

AU - Белозерова, Мария Юрьевна

AU - Додуева, Ирина Евгеньевна

AU - Лебедева, Мария Александровна

AU - Лутова, Людмила Алексеевна

AU - Тихонович, Игорь Анатольевич

PY - 2022/12/24

Y1 - 2022/12/24

N2 - Во Всероссийском институте генетических ресурсов растений им. Н.И. Вавилова (ВИР) поддерживается обширная коллекция образцов гороха посевного (Pisum sativum L.). Ранее для 99 генотипов гороха, выращенных в условиях инокуляции клубеньковыми бактериями и грибами арбускулярной микоризы, были определены значения ростовых параметров и показателей урожайности и качества семян. В настоящем исследовании был оценен полиморфизм генов, кодирующих симбиотическую рецепторную киназу PsSym29 (компонент системы авторегуляции клубенькообразования) и гомологичную киназу PsNRLK1 с пока неизвестной функцией, на указанной выборке из 99 генотипов гороха. В программе DNAsp 5.0 были определены параметры нуклеотидного разнообразия и значения критериев D Таджимы и H Фэя и Ву. С использованием двухфакторного дисперсионного анализа (two-way ANOVA) с поправкой FDR, а также методов регрессионного анализа была исследована достоверность ассоциации аллельного состояния секвенированных генов с ростовыми параметрами и показателями урожайности и качества семян. Было показано, что нуклеотидное разнообразие и отношение частот синонимичных и несинонимичных замен выше в случае гена PsNRLK1 по сравнению с PsSym29. Анализ значений критерия H Фэя и Ву методом скользящего окна выявил признаки позитивного отбора в одном сайте последовательности PsSym29 и в трёх сайтах последовательности PsNRLK1. Все эти сайты локализуются в первых экзонах генов, кодирующих домены LRR (leucine rich repeat). Статистически достоверных ассоциаций аллельного состояния генов PsSym29 и PsNRLK1 с ростовыми параметрами и показателями урожайности и качества семян выявлено не было. Таким образом, продемонстрировано, что последовательности генов PsSym29 и PsNRLK1 испытывают действие позитивного отбора, однако для выяснения условий, при которых определённые аллели изученных генов придают эволюционное преимущество, требуются дальнейшие исследования.

AB - Во Всероссийском институте генетических ресурсов растений им. Н.И. Вавилова (ВИР) поддерживается обширная коллекция образцов гороха посевного (Pisum sativum L.). Ранее для 99 генотипов гороха, выращенных в условиях инокуляции клубеньковыми бактериями и грибами арбускулярной микоризы, были определены значения ростовых параметров и показателей урожайности и качества семян. В настоящем исследовании был оценен полиморфизм генов, кодирующих симбиотическую рецепторную киназу PsSym29 (компонент системы авторегуляции клубенькообразования) и гомологичную киназу PsNRLK1 с пока неизвестной функцией, на указанной выборке из 99 генотипов гороха. В программе DNAsp 5.0 были определены параметры нуклеотидного разнообразия и значения критериев D Таджимы и H Фэя и Ву. С использованием двухфакторного дисперсионного анализа (two-way ANOVA) с поправкой FDR, а также методов регрессионного анализа была исследована достоверность ассоциации аллельного состояния секвенированных генов с ростовыми параметрами и показателями урожайности и качества семян. Было показано, что нуклеотидное разнообразие и отношение частот синонимичных и несинонимичных замен выше в случае гена PsNRLK1 по сравнению с PsSym29. Анализ значений критерия H Фэя и Ву методом скользящего окна выявил признаки позитивного отбора в одном сайте последовательности PsSym29 и в трёх сайтах последовательности PsNRLK1. Все эти сайты локализуются в первых экзонах генов, кодирующих домены LRR (leucine rich repeat). Статистически достоверных ассоциаций аллельного состояния генов PsSym29 и PsNRLK1 с ростовыми параметрами и показателями урожайности и качества семян выявлено не было. Таким образом, продемонстрировано, что последовательности генов PsSym29 и PsNRLK1 испытывают действие позитивного отбора, однако для выяснения условий, при которых определённые аллели изученных генов придают эволюционное преимущество, требуются дальнейшие исследования.

U2 - 10.17816/ecogen111959

DO - 10.17816/ecogen111959

M3 - статья

VL - 20

SP - 271

EP - 278

JO - ЭКОЛОГИЧЕСКАЯ ГЕНЕТИКА

JF - ЭКОЛОГИЧЕСКАЯ ГЕНЕТИКА

SN - 1811-0932

IS - 4

ER -