Обоснование: Исследования, посвященные биоразнообразию арбускулярных микоризных грибов (AMF), все еще ограничены. Анализ таксонов AMF на Северном Кавказе, горячей точке биоразнообразия умеренного пояса, раньше ограничивался родовым уровнем. Целью данного исследования было определение биоразнообразия АМФ на видовом уровне в биотопах Северного Кавказа. Методы. Молекулярно-генетическую идентификацию грибов проводили с использованием регионов ITS1 и ITS2 в виде штрих-кодов путем секвенирования с помощью Illumina MiSeq, анализа филогенетических деревьев отдельных родов и поиска операционных таксономических единиц (ОТЕ) с идентификацией на видовом уровне. В качестве эталонов использовали последовательности из MaarjAM и NCBI GenBank. Результаты: Мы проанализировали более 10 миллионов чтений в образцах почвы для трех биотопов, чтобы оценить биоразнообразие грибов. Вкратце, зарегистрировано 50 видов АМФ, принадлежащих к 20 родам. Общее количество ОТЕ АМ-гриба для биотопа «Субальпийский луг» составило 171/131, для «Леса» — 117/60, для «Долины реки» — 296/221 по данным ITS1/ITS2. Общее количество видов АМ-грибов (кроме виртуальных таксонов) для биотопа «Субальпийский луг» составило 24/19, для «Леса» — 22/13, для «Долины реки» — 28/24 по данным ITS1. /ITS2 данные. Большее разнообразие АМФ, а также количество ОТЕ и видов по сравнению с лесными биотопами характеризуют долинные биотопы (нарушенные экосистемы; луга). Коэффициент корреляции между «Процентом однолетних растений» и «Общим числом прочтений Glomeromycota» r = 0,76 и 0,81 для ITS1 и ITS2 соответственно, а коэффициент корреляции между «Процентом однолетних растений» и «Количеством OTU (для общего числа видов)» составил r = 0,67 и 0,77 для ITS1 и ITS2 соответственно. Заключение: Высокое биоразнообразие АМФ для долины реки может быть связано с более высоким процентом однолетних растений в этих биотопах и активным развитием восстановительных сукцессионных процессов.