Флавоноидные пигменты – антоцианы и проантоцианидины, благодаря антиоксидантным свойствам, обладают высокой биологической активностью. Накопление окрашенных флавоноидов в вегетативных органах и наружных частях зерновки характерно для всех злаковых растений, но у большинства культурных злаков селекция шла на основе форм с неокрашенным зерном. С учётом оздоровительного эффекта зернового питания начаты интенсивные генетические исследования по созданию сортов злаков с высоким содержанием антоцианов. Рожь до последнего времени составляла исключение, несмотря на наличие уникального генетического материала. У ржи идентифицированы семь локусов, контролирующих накопление антоцианов, генетическим и физическим картированием нам удалось определить гены-кандидаты для пяти из них. Локусы vi1 (7R), vi2 (4R), vi3 (3R) и vi6 (2R) кодируют основные ферменты биосинтеза антоцианов – A53GT, ANS, DFR и F3H, соответственно. Нами установлено, что аллельные мутации vi4 и vi5 затрагивают ген Vs, кодирующий MYC транскрипционный фактор, отвечающий за биосинтез антоцианов в перикарпе зерновки. Биосинтез флавоноидов регулируется транскрипционными факторами семейств MYC, MYB и WD40, формирующими тканеспецифичные MBW-комплексы. Путём анализа опубликованных геномных и полученных нами транскриптомных данных у ржи удалось идентифицировать MBW гены биосинтеза флавоноидов, принадлежащие этим семействам (5 генов MYC, 6 генов MYB, 1 ген WD40) и являющиеся потенциальными регуляторами биосинтеза флавоноидов в зерновке и вегетативных органах. Особое внимание привлекает регуляторный ген Vs, представленный в нашей коллекции серией доминантных аллелей с различным эффектом на качественный и количественный состав антоцианов. Дальнейшие исследования открывают возможности для селекции форм ржи, обогащенных биологически активными соединениями и устойчивых к неблагоприятным условиям среды.