Рассматривается методика уточнения поступления азота и фосфора в Невскую губу и восточную часть Финского залива с территории Санкт-Петербурга, где мониторинг содержания общего азота и фосфора в речном стоке выполняется только в реке Неве и её рукавах. Поэтому необходимо определение модулей стока общего азота и фосфора с водосборов тех водотоков, на которых отсутствуют створы мониторинга. Нами разработана модификация методики определения модулей стока общего азота и фосфора с урбанизированных водосборов. Этапом этой методики является выделение водосборных бассейнов водотоков с использованием созданной нами цифровой модели рельефа (ЦМР). Эта ЦМР создана путём оцифровки горизонталей топографической карты Санкт-Петербурга и Ленинградской области 2001 года масштабом 1:200000. Особенности урбанизированной территории (наличие многоэтажной застройки) не позволяет использовать глобальные цифровые модели рельефа (SRTM, ASTER GDEM) для корректного выделения водосборов. Представлен метод определения типов поверхностей в пределах водосборных бассейнов водотоков урбанизированных территорий классификацией с обучением в модуле Quantum GIS “Dzetsaka classification dock” композитных изображений, созданных из растров красного (B4), зелёного (B3) и ближнего инфракрасного (B8) каналов спутниковых снимков Sentinel-2.