В процессе антихристианских гонений периода Токугава (1603-1867) японские катакомбные христиане, находясь в изоляции от западных миссионеров, создали письменный памятник «Тэнти хадзимари-но кото» («Слово о начале Неба и Земли»), в котором причудливым образом смешались христианские доктрины и синто-буддийские представления. Один из ключевых христианских догматов, касающийся сущности Святой Троицы, а также характеристики и соотношения ее лиц - Бога Отца, Сына и Святого Духа, - также претерпел значительные изменения. Образы Бога Отца и Сына в новой трактовке приобрели буддийские черты, Святой Дух стал отождествляться с Девой Марией, а возникновение лиц Святой Троицы стало последовательным во времени и потеряло предвечный характер. Господь лишился некоторых своих ключевых атрибутов, в частности, всеведения, а Иисус претерпел смерть на кресте за убитых царем Иродом младенцев. В целом, трактовка японскими катакомбными верующими идеи о Святой Троице и ее лицах была изменена по сравнению с традиционной в пользу упрощения и максимальной ее конкретизации.