Актуальность работы обусловлена переходом к новому технологическому способу производства и необходимостью проведения изменений в управляющих системах. В исследовании рассмотрены методические подходы к определению приоритетных направлений структурных изменений системы управления инновационными компаниями под воздействием цифровых технологий. Комплексный анализ деятельности российских инновационных компаний позволил сформировать приоритеты с целью оптимизации системы управления инновационным развитием компаний, которая должна учитывать конкурентное позиционирование и сценарии повышения эффективности деятельности бизнес - структур, которые должны быть направлены на достижение социально-экономического эффекта на региональном уровне управления России. В ходе исследования был осуществлен мониторинг деятельности 500 российских инновационных организаций, анализ деятельности которых позволил выявить приоритетные направления элементов трансформации системы управления компаниями под воздействием цифровых технологий. Пол