Важнейшим фактором эволюции грибов являются их симбиотические взаимодействия с растениями, имеющими универсальные системы для размещения микобионтов в тканевых и субклеточных компартментах, а также для регуляции их развития посредством сигнальных и трофических взаимодействий. Эти системы возникли в процессе коэволюции растений с грибами филы Glomeromycota, которые были преадаптированы к образованию арбускулярной микоризы благодаря эндосимбиозу с цианобактериями (система Geosiphon‒Nostoc). В ходе коэволюции с Glomeromycota у растений возникли молекулярные и цитологические механизмы для взаимодействия с широким кругом микробов, включая N2-фиксирующие протеобактерии и актинобактерии.