Повсеместное распространение эндофитных микроорганизмов является общепризнанным фактом, а открывающиеся возможности использования их в сельском хозяйстве вызывают огромный интерес к ним со стороны научного сообщества. В отличие от ризосферных (населяющих поверхность корней) и филлосферных (колонизирующих надземные органы) представителей растительно-микробного сообщества, эндофиты способны вступать с хозяином в более тесные взаимоотношения, в некоторых случаях сильно влияя на его фенотип и в целом принося определенную пользу, не формируя, однако, специфических структур, таких как клубеньки, в случае бобово-ризобиального симбиоза. Выполняя целый набор функций, среди которых модуляция уровней фитогормонов, продукция витаминов и улучшение снабжения питательными веществами, эндофиты могут служить основой для биопрепаратов, что позволит в перспективе снизить необходимость использования минеральных удобрений в практике сельского хозяйства и вследствие этого негативное влияние последних на плодородие почв, биоразнообразие и здоровье человека. В этом обзоре рассмотрены такие аспекты растительно-эндофитного симбиоза, как биоразнообразие эндофитов бобовых и небобовых культур, экология данных микроорганизмов, вопросы их функциональной значимости, распространенные способы изучения, а также возможности их применения в сельском хозяйстве.