В работе представлены результаты моделирования флуктуаций трансионосферных сигналов при распространении в условиях перемежаемой ионосферной турбулентности. Для моделирования флуктуаций поля используется метод фазового экрана. Перемежаемое распределение фазы на экране задаётся с использованием модели негауссова мультифрактального фазового экрана, которая позволяет моделировать различные режимы перемежаемости, от полного её отсутствия до весьма значительной. Результаты исследования функции когерентности поля выявили увеличение радиуса когерентности с увеличением степени перемежаемости. Расчёты индекса сцинтилляций показали уменьшение индекса на земной поверхности с ростом степени перемежаемости, что согласуется с фактом увеличения радиуса когерентности. Полученные результаты свидетельствуют о важности учёта возможных отклонений характера турбулентных флуктуаций среды от гауссова случайного процесса.