Analysis of metagenome-assembled viral genomes from the human gut reveals diverse putative CrAss-like phages with unique genomic features

Yutin, N., Benler, S., Shmakov, S. A., Wolf, Y. I., Tolstoy, I., Rayko, M., Antipov, D., Pevzner, P. A. & Koonin, E. V., дек 2021, в: Nature Communications. 12, 1, 11 стр., 1044.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Critical Assessment of Metagenome Interpretation: the second round of challenges

Meyer, F., Fritz, A., Deng, Z. L., Koslicki, D., Lesker, T. R., Gurevich, A., Robertson, G., Alser, M., Antipov, D., Beghini, F., Bertrand, D., Brito, J. J., Brown, C. T., Buchmann, J., Buluç, A., Chen, B., Chikhi, R., Clausen, P. T. L. C., Cristian, A., Dabrowski, P. W. еще 83, Darling, A. E., Egan, R., Eskin, E., Georganas, E., Goltsman, E., Gray, M. A., Hansen, L. H., Hofmeyr, S., Huang, P., Irber, L., Jia, H., Jørgensen, T. S., Kieser, S. D., Klemetsen, T., Kola, A., Kolmogorov, M., Korobeynikov, A., Kwan, J., LaPierre, N., Lemaitre, C., Li, C., Limasset, A., Malcher-Miranda, F., Mangul, S., Marcelino, V. R., Marchet, C., Marijon, P., Meleshko, D., Mende, D. R., Milanese, A., Nagarajan, N., Nissen, J., Nurk, S., Oliker, L., Paoli, L., Peterlongo, P., Piro, V. C., Porter, J. S., Rasmussen, S., Rees, E. R., Reinert, K., Renard, B., Robertsen, E. M., Rosen, G. L., Ruscheweyh, H. J., Sarwal, V., Segata, N., Seiler, E., Shi, L., Sun, F., Sunagawa, S., Sørensen, S. J., Thomas, A., Tong, C., Trajkovski, M., Tremblay, J., Uritskiy, G., Vicedomini, R., Wang, Z., Wang, Z., Wang, Z., Warren, A., Willassen, N. P., Yelick, K., You, R., Zeller, G., Zhao, Z., Zhu, S., Zhu, J., Garrido-Oter, R., Gastmeier, P., Hacquard, S., Häußler, S., Khaledi, A., Maechler, F., Mesny, F., Radutoiu, S., Schulze-Lefert, P., Smit, N., Strowig, T., Bremges, A., Sczyrba, A. & McHardy, A. C., 8 апр 2022, в: Nature Methods. 19, 4, стр. 429-440 12 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Extending rnaSPAdes functionality for hybrid transcriptome assembly

Prjibelski, A. D., Puglia, G. D., Antipov, D., Bushmanova, E., Giordano, D., Mikheenko, A., Vitale, D. & Lapidus, A., 24 июл 2020, в: BMC Bioinformatics. 21, Suppl 12, стр. 302 9 стр., 302.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

HybridSPAdes: An algorithm for hybrid assembly of short and long reads

Antipov, D., Korobeynikov, A., McLean, J. S. & Pevzner, P. A., 1 апр 2016, в: Bioinformatics. 32, 7, стр. 1009-1015 7 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

METAVIRALSPADES: assembly of viruses from metagenomic data

Antipov, D., Raiko, M., Lapidus, A. & Pevzner, P. A., 15 июл 2020, в: Bioinformatics. 36, 14, стр. 4126-4129 4 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Multiplex de Bruijn graphs enable genome assembly from long, high-fidelity reads

Bankevich, A., Bzikadze, A. V., Kolmogorov, M., Antipov, D. & Pevzner, P. A., июл 2022, в: Nature Biotechnology. 40, 7, стр. 1075-1081 7 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Plasmid detection and assembly in genomic and metagenomic datasets

Antipov, D., Raiko, M., Lapidus, A. & Pevzner, P. A., 1 янв 2019, в: Genome Research. 29, 6, стр. 961-968 8 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

PlasmidSPAdes: Assembling plasmids from whole genome sequencing data

Antipov, D., Hartwick, N., Shen, M., Raiko, M., Lapidus, A. & Pevzner, P. A., 15 ноя 2016, в: Bioinformatics. 32, 22, стр. 3380-3387 8 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

RnaQUAST: A quality assessment tool for de novo transcriptome assemblies

Bushmanova, E., Antipov, D., Lapidus, A., Suvorov, V. & Prjibelski, A. D., 15 июл 2016, в: Bioinformatics. 32, 14, стр. 2210-2212 3 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование