Protocol for refining metagenomic binning with BinSPreader 

Очкалова, С. Д., Толстоганов, И. Н., Лапидус, А. Л. & Коробейников, А. И., 15 сен 2023, в: STAR Protocols. 4, 3, 102417.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Benchmarking state-of-the-art approaches for norovirus genome assembly in metagenome sample

Мелешко, Д. А. & Коробейников, А. И., 29 июл 2023, в: Biology. 12, 8, 1066.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

MetaGT: A pipeline for de novo assembly of metatranscriptomes with the aid of metagenomic data

Шафранская, Д. Д., Kale, V., Finn, R., Лапидус, А. Л., Коробейников, А. И. & Пржибельский, А. Д., 28 окт 2022, в: Frontiers in Microbiology. 13, 981458.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

BinSPreader: Refine binning results for fuller MAG reconstruction

Tolstoganov, I., Kamenev, Y., Kruglikov, R., Ochkalova, S. & Korobeynikov, A., 19 авг 2022, в: iScience. 25, 8, 104770.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Generating lineage-resolved, complete metagenome-assembled genomes from complex microbial communities

Bickhart, D. M., Kolmogorov, M., Tseng, E., Portik, D. M., Коробейников, А. И., Толстоганов, И. Н., Uritskiy, G., Liachko, I., Sullivan, S. T., Shin, S. B., Zorea, A., Andreu, V. P., Panke-Buisse, K., Medema, M. H., Mizrahi, I., Певзнер, П. А. & Smith, T. P. L., мая 2022, в: Nature Biotechnology. 40, 5, стр. 711-719 9 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Critical Assessment of Metagenome Interpretation: the second round of challenges

Meyer, F., Fritz, A., Deng, Z. L., Koslicki, D., Lesker, T. R., Gurevich, A., Robertson, G., Alser, M., Antipov, D., Beghini, F., Bertrand, D., Brito, J. J., Brown, C. T., Buchmann, J., Buluç, A., Chen, B., Chikhi, R., Clausen, P. T. L. C., Cristian, A., Dabrowski, P. W. еще 83, Darling, A. E., Egan, R., Eskin, E., Georganas, E., Goltsman, E., Gray, M. A., Hansen, L. H., Hofmeyr, S., Huang, P., Irber, L., Jia, H., Jørgensen, T. S., Kieser, S. D., Klemetsen, T., Kola, A., Kolmogorov, M., Korobeynikov, A., Kwan, J., LaPierre, N., Lemaitre, C., Li, C., Limasset, A., Malcher-Miranda, F., Mangul, S., Marcelino, V. R., Marchet, C., Marijon, P., Meleshko, D., Mende, D. R., Milanese, A., Nagarajan, N., Nissen, J., Nurk, S., Oliker, L., Paoli, L., Peterlongo, P., Piro, V. C., Porter, J. S., Rasmussen, S., Rees, E. R., Reinert, K., Renard, B., Robertsen, E. M., Rosen, G. L., Ruscheweyh, H. J., Sarwal, V., Segata, N., Seiler, E., Shi, L., Sun, F., Sunagawa, S., Sørensen, S. J., Thomas, A., Tong, C., Trajkovski, M., Tremblay, J., Uritskiy, G., Vicedomini, R., Wang, Z., Wang, Z., Wang, Z., Warren, A., Willassen, N. P., Yelick, K., You, R., Zeller, G., Zhao, Z., Zhu, S., Zhu, J., Garrido-Oter, R., Gastmeier, P., Hacquard, S., Häußler, S., Khaledi, A., Maechler, F., Mesny, F., Radutoiu, S., Schulze-Lefert, P., Smit, N., Strowig, T., Bremges, A., Sczyrba, A. & McHardy, A. C., 8 апр 2022, в: Nature Methods. 19, 4, стр. 429-440 12 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Hi-C Metagenomics in the ICU: Exploring Clinically Relevant Features of Gut Microbiome in Chronically Critically Ill Patients

Ivanova, V., Chernevskaya, E., Vasiluev, P., Ivanov, A., Tolstoganov, I., Шафранская, Д. Д., Ulyantsev, V., Korobeynikov, A., Razin, S. V., Beloborodova, N., Ulianov, S. V. & Tyakht, A., 3 фев 2022, в: Frontiers in Microbiology. 12, 17 стр., 770323.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Petabase-scale sequence alignment catalyses viral discovery

Edgar, R. C., Taylor, J., Lin, V., Altman, T., Barbera, P., Meleshko, D., Lohr, D., Novakovsky, G., Buchfink, B., Al-Shayeb, B., Banfield, J. F., de la Peña, M., Korobeynikov, A., Chikhi, R. & Babaian, A., 3 фев 2022, в: Nature. 602, 7895, стр. 142-147 6 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Fifth International Conference “Bioinformatics: from Algorithms to Applications” (BiATA 2021)

Лапидус, А. Л. & Коробейников, А. И., 1 дек 2021, в: BMC Bioinformatics. 22, Suppl 16

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › редакционная статья

Nerpa: A tool for discovering biosynthetic gene clusters of bacterial nonribosomal peptides

Kunyavskaya, O., Tagirdzhanov, A. M., Caraballo-Rodríguez, A. M., Nothias, L. F., Dorrestein, P. C., Korobeynikov, A., Mohimani, H. & Gurevich, A., 11 окт 2021, в: Metabolites. 11, 10, 20 стр., 693.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование