С 1999 года работает на факультете философии и политологии СПбГУ, является автором более 60 исследовательских работ по археологии, теории и философии культуры, музееведению.

С 2004 года является заместителем заведующего кафедрой музейного дела и охраны памятников факультета философии и политологии СПбГУ.

Является автором учебного плана по специальности  «Музееведение и охрана памятников» и стандарта по направлению «Музеология и охрана объектов культурного и природного наследия».

Никонова А.А. является автором магистерской программы «Визуальные технологии в музее» .

Подготовлены и прочитаны учебные курсы:

- по специальности «Музееведение и охрана памятников»:  “Музееведение”, История охраны культурного наследия», «Научно-исследовательская деятельность в музее», “Музей в контексте современной культуры”, “Культурное наследие и его осмысление”, «Источниковедение», «Историография»,.

- по направлению бакалавриата «Музеология и охрана объектов природного и культурного наследия»: «Теоретические основы музееведения», «История охраны объектов культурного наследия в России», «Теоретические основы атрибуции музейных предметов», «Источниковедение», «Историография»,

По магистерской программе «Визуальные технологии в музее»: «Теория экспозиции», «Методы музеефикации объектов культурного наследия».

Подготовлены методические пособия: «Этнологическая практика» для культурологов и «Археолого-этнологическая практика», «История выставочной деятельности» и «Тезаурус современного искусства» для музееведов и музеологов.

Никонова А.А. является ответственным редактором научных сборников: «Собор лиц», «Музейный просвет», «Музейная эпистема», «Институты памяти в меняющемся мире».

Участвовала в четырех грантовых проектах фонда РНГФ, проекта «Нулевая верста», победителя конкурса «Меняющийся музей в меняющемся мире» фонда В. Потанина.

Никонова А. А. является организатором ежегодных международных научных конференций, проводимых кафедрой музейного дела и охраны памятников (всего проведено 12 конференций), организатором круглых столов, проводимых кафедрой в Дни Петербургской философии, организатором ежемесячного научно-практического кафедрального семинара.

Руководитель кандидатской диссертации Мишиной М.А.

Эксперт грантового конкурса фонда В. Потанина «Меняющийся музей в меняющемся мире» в 2009-2010 гг.

Член ИКОМ России с 2011 года

Член редколлегии журнала «Вопросы музеологии».

С 2008 г. руководитель проекта «Музейный квартал» и Научно-практического центра «Музейный квартал» на философском факультете.

Закончила курсы повышения квалификации на Философском факультете Санкт-Петербургскогогосударственного университета по программе "Культурология в системе современного гуманитарного образования" . 2008г. Удостоверение, 2008, рег. № 1687

Осуществляет руководство ведением сайта: «Кафедра музейного дела и охраны памятников»  и информационного портала «Российское музееведение».

Благодаря активной деятельности Никоновой А.А. кафедра музейного дела и охраны памятников стала участником всех межмузейных проектов Санкт-Петербурга: «Современное искусство в традиционном музее», «Детские дни в музее», «Ночь музеев».