Creation of Cellulolytic Communities of Soil Microorganisms—A Search for Optimal Approaches

Зверев, А. О., Кимеклис, А. К., Орлова, О. В., ЛИСИНА, Т. О., Кичко, А. А., Пинаев, А. Г., Лапидус, А. Л., Абакумов, Е. В. & Андронов, Е. Е., 9 ноя 2024, в: Microorganisms. 12, 11, 2276.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Analysis of rhizosphere fungal community of agricultural crops cultivated in laboratory experiments on Chernevaya taiga soil

Кравченко, И., Райко, М. П., Сокорнова, С. В., Тихонова, Е., Конопкин, А. & Лапидус, А. Л., 1 янв 2024, в: World Journal of Microbiology and Biotechnology. 40, 1, 27.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Diversity and abundance of naked lobose amoebae (Amoebozoa: Tubulinea, Discosea, Variosea) in highly productive soil of Chernevaya taiga (Western Siberia, Russia)

Глотова, А. А., ЛОЙКО, С. В., Истигичев, Г., КУЛЕМЗИНА, А., Абакумов, Е. В., Райко, М. П., Лапидус, А. Л. & Смирнов, А. В., 2024, в: Protistology. 18, 1, стр. 22-30

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Metagenomic insights into the development of microbial communities of straw and leaf composts

Кимеклис, А. К., Гладков, Г. В., Орлова, О., Лисина, Т., Афонин, А. М., Аксенова, Т., Кичко, А. А., Лапидус, А. Л., Абакумов, Е. В. & Андронов, Е. Е., 2024, в: Frontiers in Microbiology. 15, 1485353.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Protocol for refining metagenomic binning with BinSPreader 

Очкалова, С. Д., Толстоганов, И. Н., Лапидус, А. Л. & Коробейников, А. И., 15 сен 2023, в: STAR Protocols. 4, 3, 102417.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Accurate isoform discovery with IsoQuant using long reads

Prjibelski, A. D., Lapidus, A. L., Joglekar, A., Smetanin, A., Mikheenko, A., Jarroux, J. & Tilgner, H. U., июл 2023, в: Nature Biotechnology. 41, 7, стр. 915-918 4 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Micromorphological Characteristics of Soils in the Chernevaya Taiga (Western Siberia, Russia)

Abakumov, E., Nizamutdinov, T., Lapidus, A., Istigechev, G. & Loiko, S., 18 июн 2023, в: Geosciences (Switzerland). 13, 6, 186.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Chromosome-Length Assembly of the Baikal Seal (Pusa sibirica) Genome Reveals a Historically Large Population Prior to Isolation in Lake Baikal

Yakupova, A., Tomarovsky, A., Totikov, A., Beklemisheva, V., Logacheva, M., Perelman, P., Komissarov, A., Dobrynin, P., Krasheninnikova, K., Tamazian, G., Serdyukova, N., Райко, М. П., Bulyonkova, T., Cherkasov, N., Pylev, V., Peterfeld, V., Penin, A., Balanovska, E., Лапидус, А. Л., О Брайен, С. Д. еще 3, Graphodatsky, A., Koepfli, K-P. & Kliver, S., 28 фев 2023, в: Genes. 14, 3, 619.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Новое в геномике центромер: уроки первой Т2Т-сборки хромосом человека

Лапидус, А. Л., Александров, И. А., Рогаев, Е. И., Уральский, Л. & Ряябов, Ф., 2023, в: Цитология. 65, 3, стр. 217-231 15 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Rising Stars in Evolutionary Editorial. Rising Stars in Evolutionary and Genomic Microbiology

Pérez-Rueda, E. & Лапидус, А. Л., 16 дек 2022, в: Frontiers in Microbiology.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › редакционная статья

Agricultural Crops Grown in Laboratory Conditions on Chernevaya Taiga Soil Demonstrate Unique Composition of the Rhizosphere Microbiota

Kravchenko, I., Rayko, M., Tikhonova, E., Konopkin, A., Evgeny Abakumov, E. A. & Lapidus, A., 31 окт 2022, в: Microorganisms. 10, 11, 2171.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

MetaGT: A pipeline for de novo assembly of metatranscriptomes with the aid of metagenomic data

Шафранская, Д. Д., Kale, V., Finn, R., Лапидус, А. Л., Коробейников, А. И. & Пржибельский, А. Д., 28 окт 2022, в: Frontiers in Microbiology. 13, 981458.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Thecochaos is not a myth: study of the genus Thecochaos (Amoebozoa, Discosea) – a rediscovered group of lobose amoeba, with short SSU gene

Мезенцев, Е. С., Бондаренко, Н. И., Камышацкая, О. Г., Насонова, Е. С., Глотова, А. А., Лойко, С., Истигечев, Г., КУЛЕМЗИНА, А., Абакумов, Е. В., Райко, М. П., Лапидус, А. Л. & Смирнов, А. В., 17 авг 2022, (Электронная публикация перед печатью) в: Organisms Diversity and Evolution.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Distribution of Molecular Weight of Humic Substances Isolated from Soils of Tallgrass Temperate Rainforests (Chernevaya Taiga)

Поляков, В. И., Абакумов, Е. В., Лодыгин, Е. Д., Василевич, Р. & Лапидус, А. Л., 27 июл 2022, в: Agronomy. 12, 8, 11 стр., 1760.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Study of soil rhizobacteria from Chernevaya Taiga in Western Siberia and their potential effect on plant growth

Kravchenko, I., Tikhonova, E., Konopkin, A. & Lapidus, A., 30 июн 2022, в: Nexo Revista Científica . 35, 02, стр. 574-579 6 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

IsoQuant: a tool for accurate novel isoform discovery with long reads

Prjibelski, A., Mikheenko, A., Joglekar, A., Smetanin, A., Jarroux, J., Lapidus, A. & Tilgner, H. U., 26 апр 2022, (Электронная публикация перед печатью) в: Nature Biotechnology.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Microfungi in the Soils of Chernevaya Taiga of Western Siberia

Kirtsideli, I. Y., Ilyushin, V. A., Vlasov, D. Y., Abakumov, E. V. & Lapidus, A. L., 2022, в: Mikologiya I Fitopatologiya. 56, 2, стр. 86-95 10 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Fifth International Conference “Bioinformatics: from Algorithms to Applications” (BiATA 2021)

Лапидус, А. Л. & Коробейников, А. И., 1 дек 2021, в: BMC Bioinformatics. 22, Suppl 16

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › редакционная статья

Fungal metagenome of chernevaya taiga soils: Taxonomic composition, differential abundance and factors related to plant gigantism

Rayko, M., Sokornova, S. & Lapidus, A., ноя 2021, в: Journal of Fungi. 7, 11, 12 стр., 908.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Elemental and Molecular Composition of Humic Acids Isolated from Soils of Tallgrass Temperate Rainforests (Chernevaya taiga) by 1H-13C HECTCOR NMR Spectroscopy

Polyakov, V., Loiko, S., Istigechev, G., Lapidus, A. & Abakumov, E., 1 окт 2021, в: Agronomy. 11, 10, 15 стр., 1998.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Physical properties as a key factor in the soil functioning in Chernevaya Taiga (Western Siberia)

Abakumov, E., Loyko, S., Istigechev, G. & Lapidus, A., 1 окт 2021, в: IOP Conference Series: Earth and Environmental Science . 862, 1, 012036.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья в журнале по материалам конференции › Рецензирование

Draft genome sequence of Bordetella sp. strain FB-8, isolated from a former uranium mining area in Germany

Harris, C. R., Akob, D. M., Fabisch, M., Beulig, F., Woyke, T., Shapiro, N., Lapidus, A., Klenk, H. P. & Küsel, K., 8 апр 2021, в: Microbiology Resource Announcements. 10, 14, 3 стр., e01035-19.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Metagenomic Data Assembly – The Way of Decoding Unknown Microorganisms

Lapidus, A. L. & Korobeynikov, A. I., 23 мар 2021, в: Frontiers in Microbiology. 12, 16 стр., 613791.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › Обзорная статья › Рецензирование

Genomic variations in drug resistant Mycobacterium tuberculosis strains collected from patients with different localization of infection

Chernyaeva, E., Rotkevich, M., Krasheninnikova, K., Lapidus, A., Polev, D. E., Solovieva, N., Zhuravlev, V., Yablonsky, P. & O’Brien, S. J., янв 2021, в: Antibiotics. 10, 1, стр. 1-12 12 стр., 27.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Description of Leptomyxa silvatica n. sp. (Amoebozoa, Tubulinea, Leptomyxida), a new soil amoeba species from Chernevaya taiga soil of West Siberia, Russia

Glotova, A. A., Loiko, S. V., Istigichev, G. I., Kulemzina, A. I., Abakumov, E. V., Lapidus, A. L. & Smirnov, A. V., 2021, в: Protistology. 15, 4, стр. 312-320 9 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Fungal metagenome of Сhernevaya taiga soils: Taxonomic composition, differential abundance and factors related to plant gigantism

Rayko, M., Sokornova, S. & Lapidus, A., 2021, в: Journal of Fungi. 11, 7, 908.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Линии короновируса SARS-CoV-2 российского происхождения: генетическая характеристика и корреляции с клиническими параметрами, тяжестью коронавирусной инфекции

Glotov, O. S., Chernov, A. N., Korobeynikov, A. I., Kalinin, R. S., Tsai, V. V., Anisenkova, A. Y., Urazov, S. P., Lapidus, A. L., Mosenko, S. V. & Shcherbak, S. G., 2021, в: Сибирский журнал клинической и экспериментальной медицины. 36, 4, стр. 132-143 12 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Fourth International Conference "Bioinformatics: From Algorithms to Applications" (BiATA 2020)

Lapidus, A. & Korobeynikov, A., 17 дек 2020, в: BMC Bioinformatics. 21, SUPPL 20, 1 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › тезисы › Рецензирование

Metagenomic analysis of the soil microbiota associated with plant gigantism of the unique Siberian Chernevaya Taiga

Rayko, M., Kulemzina, A., Abakumov, E., Istigechev, G., Andronov, E., Lashchinsky, N. & Lapidus, A., 17 дек 2020, в: BMC Bioinformatics. 21, S. 20, 2 стр., P4.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › тезисы › Рецензирование

Selected abstracts of "Bioinformatics: From Algorithms to Applications 2020" conference Abstracts

Lapidus, A. & Korobeynikov, A., 17 дек 2020, в: BMC Bioinformatics. 21, 1, 18 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Mixotrophic Iron-Oxidizing Thiomonas Isolates from an Acid Mine Drainage-Affected Creek

Akob, D. M., Hallenbeck, M., Beulig, F., Fabisch, M., Küsel, K., Keffer, J. L., Woyke, T., Shapiro, N., Lapidus, A., Klenk, H. P. & Chan, C. S., дек 2020, в: Applied and Environmental Microbiology. 86, 24, стр. 1-18 18 стр., ARTN e01424-20.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Correction to: CDSnake: Snakemake pipeline for retrieval of annotated OTUs from paired-end reads using CD-HIT utilities

Kondratenko, Y., Korobeynikov, A. & Lapidus, A., 19 авг 2020, в: BMC Bioinformatics. 21, 1, 1 стр., 362.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › комментарий, выступление › Рецензирование

CDSnake: Snakemake pipeline for retrieval of annotated OTUs from paired-end reads using CD-HIT utilities

Kondratenko, Y., Korobeynikov, A. & Lapidus, A., 24 июл 2020, в: BMC Bioinformatics. 21, 303.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Extending rnaSPAdes functionality for hybrid transcriptome assembly

Prjibelski, A. D., Puglia, G. D., Antipov, D., Bushmanova, E., Giordano, D., Mikheenko, A., Vitale, D. & Lapidus, A., 24 июл 2020, в: BMC Bioinformatics. 21, Suppl 12, стр. 302 9 стр., 302.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

METAVIRALSPADES: assembly of viruses from metagenomic data

Antipov, D., Raiko, M., Lapidus, A. & Pevzner, P. A., 15 июл 2020, в: Bioinformatics. 36, 14, стр. 4126-4129 4 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Using SPAdes De Novo Assembler

Prjibelski, A., Antipov, D., Meleshko, D., Lapidus, A. & Korobeynikov, A., 19 июн 2020, в: Current Protocols in Bioinformatics. 70, 1, e102.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

A new Thioalkalivibrio sp. strain isolated from petroleum-contaminated brackish estuary sediments: A new candidate for bio-based application for sulfide oxidation in halo-alkaline conditions

Becarelli, S., China, S. L., Lapidus, A., Prijibelski, A., Polev, D., Petroni, G. & Gregorio, S. D., 1 мая 2020, в: Water (Switzerland). 12, 5, 16 стр., 1385.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

MGnify: the microbiome analysis resource in 2020

Mitchell, A. L., Almeida, A., Beracochea, M., Boland, M., Burgin, J., Cochrane, G., Crusoe, M. R., Kale, V., Potter, S. C., Richardson, L. J., Sakharova, E., Scheremetjew, M., Korobeynikov, A., Shlemov, A., Kunyavskaya, O., Lapidus, A. & Finn, R. D., 1 янв 2020, в: Nucleic Acids Research. 48, D1, стр. D570-D578 9 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

ПОЧВЫ ЧЕРНЕВОЙ ТАЙГИ ЗАПАДНОЙ СИБИРИ - МОРФОЛОГИЯ, АГРОХИМИЧЕСКИЕ ОСОБЕННОСТИ, МИКРОБИОТА

Abakumov, E. V., Loyko, S. V., Istigechev, G. I., Kulemzina, A. I., Lashchinskiy, N. N., Andronov, E. E. & Lapidus, A. L., 2020, в: СЕЛЬСКОХОЗЯЙСТВЕННАЯ БИОЛОГИЯ. СЕРИЯ: БИОЛОГИЯ РАСТЕНИЙ. СЕРИЯ: БИОЛОГИЯ ЖИВОТНЫХ. 55, 5, стр. 1018-1039 22 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

CDSnake: Snakemake pipeline for retrieval of annotated OTUs from paired-end reads using CD-HIT utilities

Kondratenko, Y., Korobeynikov, A. & Lapidus, A., 8 ноя 2019, в: BMC Bioinformatics. 20, Suppl 17, стр. 516 P6.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › тезисы › Рецензирование

Extending rnaSPAdes functionality for hybrid transcriptome assembly

Prjibelski, A., Bushmanova, E., Giordano, D., Mikheenko, A., Puglia, G., Antipov, D., Viatale, D. & Lapidus, A., 8 ноя 2019, в: BMC Bioinformatics. 20, S17, 2 стр., O9.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › тезисы › Рецензирование