Benchmarking state-of-the-art approaches for norovirus genome assembly in metagenome sample

Мелешко, Д. А. & Коробейников, А. И., 29 июл 2023, в: Biology. 12, 8, 1066.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Critical Assessment of Metagenome Interpretation: the second round of challenges

Meyer, F., Fritz, A., Deng, Z. L., Koslicki, D., Lesker, T. R., Gurevich, A., Robertson, G., Alser, M., Antipov, D., Beghini, F., Bertrand, D., Brito, J. J., Brown, C. T., Buchmann, J., Buluç, A., Chen, B., Chikhi, R., Clausen, P. T. L. C., Cristian, A., Dabrowski, P. W. еще 83, Darling, A. E., Egan, R., Eskin, E., Georganas, E., Goltsman, E., Gray, M. A., Hansen, L. H., Hofmeyr, S., Huang, P., Irber, L., Jia, H., Jørgensen, T. S., Kieser, S. D., Klemetsen, T., Kola, A., Kolmogorov, M., Korobeynikov, A., Kwan, J., LaPierre, N., Lemaitre, C., Li, C., Limasset, A., Malcher-Miranda, F., Mangul, S., Marcelino, V. R., Marchet, C., Marijon, P., Meleshko, D., Mende, D. R., Milanese, A., Nagarajan, N., Nissen, J., Nurk, S., Oliker, L., Paoli, L., Peterlongo, P., Piro, V. C., Porter, J. S., Rasmussen, S., Rees, E. R., Reinert, K., Renard, B., Robertsen, E. M., Rosen, G. L., Ruscheweyh, H. J., Sarwal, V., Segata, N., Seiler, E., Shi, L., Sun, F., Sunagawa, S., Sørensen, S. J., Thomas, A., Tong, C., Trajkovski, M., Tremblay, J., Uritskiy, G., Vicedomini, R., Wang, Z., Wang, Z., Wang, Z., Warren, A., Willassen, N. P., Yelick, K., You, R., Zeller, G., Zhao, Z., Zhu, S., Zhu, J., Garrido-Oter, R., Gastmeier, P., Hacquard, S., Häußler, S., Khaledi, A., Maechler, F., Mesny, F., Radutoiu, S., Schulze-Lefert, P., Smit, N., Strowig, T., Bremges, A., Sczyrba, A. & McHardy, A. C., 8 апр 2022, в: Nature Methods. 19, 4, стр. 429-440 12 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Petabase-scale sequence alignment catalyses viral discovery

Edgar, R. C., Taylor, J., Lin, V., Altman, T., Barbera, P., Meleshko, D., Lohr, D., Novakovsky, G., Buchfink, B., Al-Shayeb, B., Banfield, J. F., de la Peña, M., Korobeynikov, A., Chikhi, R. & Babaian, A., 3 фев 2022, в: Nature. 602, 7895, стр. 142-147 6 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

coronaSPAdes: from biosynthetic gene clusters to RNA viral assemblies

Meleshko, D., Hajirasouliha, I. & Korobeynikov, A., окт 2021, в: Bioinformatics. btab597.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Using SPAdes De Novo Assembler

Prjibelski, A., Antipov, D., Meleshko, D., Lapidus, A. & Korobeynikov, A., 19 июн 2020, в: Current Protocols in Bioinformatics. 70, 1, e102.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Cartography of opportunistic pathogens and antibiotic resistance genes in a tertiary hospital environment

MetaSUB Consortium, июн 2020, в: Nature Medicine. 26, 6, стр. 941-951 11 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

BiosyntheticSPAdes: reconstructing biosynthetic gene clusters from assembly graphs

Meleshko, D., Mohimani, H., Tracanna, V., Hajirasouliha, I., Medema, M. H., Korobeynikov, A. & Pevzner, P. A., 1 авг 2019, в: Genome Research. 29, 8, стр. 1352-1362 11 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Minerva: An alignment- and reference-free approach to deconvolve Linked-Reads for metagenomics

Danko, D. C., Meleshko, D., Bezdan, D., Mason, C. & Hajirasouliha, I., янв 2019, в: Genome Research. 29, 1, стр. 116-124 9 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

American Gut: an Open Platform for Citizen Science Microbiome Research

Amer Gut Consortium, 2018, в: mSystems. 3, 3, 28 стр., ARTN e00031-18.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

MetaSPAdes: A new versatile metagenomic assembler

Nurk, S., Мелешко, Д. А., Korobeynikov, A. & Pevzner, P. A., 1 мая 2017, в: Genome Research. 27, 5, стр. 824-834 11 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование