Research output: Contribution to journal › Article › peer-review
RANDTRAN: генератор наборов случайных транскриптов, учитывающий особенности строения мРНК в транскриптомах эукариот. / Борзов, Е.А.; Марахонов, А.В.; Иванов, М.В.; Дроздова, П.Б.; Баранова, А.В.; Скоблов, М.Ю.
In: МОЛЕКУЛЯРНАЯ БИОЛОГИЯ, Vol. 48, No. 5, 2014, p. 859-867.Research output: Contribution to journal › Article › peer-review
}
TY - JOUR
T1 - RANDTRAN: генератор наборов случайных транскриптов, учитывающий особенности строения мРНК в транскриптомах эукариот
AU - Борзов, Е.А.
AU - Марахонов, А.В.
AU - Иванов, М.В.
AU - Дроздова, П.Б.
AU - Баранова, А.В.
AU - Скоблов, М.Ю.
PY - 2014
Y1 - 2014
N2 - Создание случайных и псевдослучайных контрольных последовательностей – важная проблема вычислительной биологии. Доступные генераторы случайных последовательностей используют те или иные вероятностные модели, об отличительных особенностях которых пользователь зачастую и не подозре вает. В зависимости от выбранной модели, созданные наборы случайных последовательностей могут существенно отличаться друг от друга, а значит, приводят к различиям в оценках теоретических частот встречаемости нуклеотидных мотивов. Кроме того, современные задачи компьютерной биологии часто требуют использования контрольных наборов последовательностей, по частоте встречаемости каждой последовательности и по своему строению не отличающихся от видо- или тканеспецифичных транскриптомов, где каждая последовательность содержит открытую рамку считывания, 5'- и 3'-нетранслируемые области или представляет собой некодирующий транскрипт. В данной работе мы представляем RANDTRAN – принципиально новый инструмент для генерации случайных последовател
AB - Создание случайных и псевдослучайных контрольных последовательностей – важная проблема вычислительной биологии. Доступные генераторы случайных последовательностей используют те или иные вероятностные модели, об отличительных особенностях которых пользователь зачастую и не подозре вает. В зависимости от выбранной модели, созданные наборы случайных последовательностей могут существенно отличаться друг от друга, а значит, приводят к различиям в оценках теоретических частот встречаемости нуклеотидных мотивов. Кроме того, современные задачи компьютерной биологии часто требуют использования контрольных наборов последовательностей, по частоте встречаемости каждой последовательности и по своему строению не отличающихся от видо- или тканеспецифичных транскриптомов, где каждая последовательность содержит открытую рамку считывания, 5'- и 3'-нетранслируемые области или представляет собой некодирующий транскрипт. В данной работе мы представляем RANDTRAN – принципиально новый инструмент для генерации случайных последовател
U2 - 10.7868/S0026898414050024
DO - 10.7868/S0026898414050024
M3 - статья
VL - 48
SP - 859
EP - 867
JO - МОЛЕКУЛЯРНАЯ БИОЛОГИЯ
JF - МОЛЕКУЛЯРНАЯ БИОЛОГИЯ
SN - 0026-8984
IS - 5
ER -
ID: 5715562