• Е.А. Борзов
  • А.В. Марахонов
  • М.В. Иванов
  • П.Б. Дроздова
  • А.В. Баранова
  • М.Ю. Скоблов
Создание случайных и псевдослучайных контрольных последовательностей – важная проблема вычислительной биологии. Доступные генераторы случайных последовательностей используют те или иные вероятностные модели, об отличительных особенностях которых пользователь зачастую и не подозре вает. В зависимости от выбранной модели, созданные наборы случайных последовательностей могут существенно отличаться друг от друга, а значит, приводят к различиям в оценках теоретических частот встречаемости нуклеотидных мотивов. Кроме того, современные задачи компьютерной биологии часто требуют использования контрольных наборов последовательностей, по частоте встречаемости каждой последовательности и по своему строению не отличающихся от видо- или тканеспецифичных транскриптомов, где каждая последовательность содержит открытую рамку считывания, 5'- и 3'-нетранслируемые области или представляет собой некодирующий транскрипт. В данной работе мы представляем RANDTRAN – принципиально новый инструмент для генерации случайных последовател
Original languageRussian
Pages (from-to)859-867
JournalМОЛЕКУЛЯРНАЯ БИОЛОГИЯ
Volume48
Issue number5
DOIs
StatePublished - 2014

ID: 5715562