В обзоре обсуждаются некоторые проблемы, связанные с особенностями организации и эволюции района ITS1-5.8S рДНК-ITS2 генов 35S рРНК генома растений. Показано, что филогенетические гипотезы о родстве видов и родов, построенные на основании сравнения последовательностей этого района в геномах ядра, как правило, выглядят вполне правдоподобно и, в основном, согласуются с представлениями «классических» систематиков о родственных отношениях видов, хотя традиционные представления о границах триб и подтриб не всегда находят филогенетические подтверждение. В целом, дивергенция представленных в ядре растений тысяч копий последовательностей ITS1 и ITS2 идет так, что в основном коррелирует с направлением и темпами морфологической дивергенции таксонов.