Эволюция крупных таксонов часто связана с появлением новых генных семейств. У всех многоклеточных животных, кроме губок и гребневиков, в геноме присутствуют Hox-гены – важнейшие регуляторы развития. Каноническая функция Hox-генов состоит в коллинеарном паттернировании отделов тела билатеральных животных. Эта общая функция реализуется при помощи сложных, тонко скоординированных механизмов, не все из которых эволюционно консервативны и до конца понятны. Мы полагаем, что появлению этой регуляторной сложности предшествовал этап кооперации между более древними морфогенетическими программами или
их отдельными элементами. Следы этих программ могут присутствовать у современных животных для реализации неканонических Hox-функций. Неканонические функции Hox-генов нацелены на поддержание терминальной специфичности нервных клеток, аутофагию, оогенез,
догаструляционный эмбриогенез, передачу сигналов путём вертикального переноса и ряд общебиологических процессов. Эти функции реализуются при помощи базовых свойств гомеодоменного белка и могли стать триггером для эволюции ParaHoxozoa, а затем и Nephrozoa. В нашем
обзоре рассмотрены некоторые из них.