Представлены результаты квантово-химического моделирования нейтральных и цвиттерионных конформеров глицина (Gly) и аланина (L-Ala) на уровне теории функционала плотности B3LYP+GD3/def2TZVPP в газовой фазе и с учетом влияния водной среды в рамках дискретно-континуальной модели. Наиболее стабильными нейтральными конформерами Gly и Ala в газовой фазе оказались структуры с минимальными дипольными моментами. При учете сольватационных эффектов в рамках модели поляризуемого континуума (РСМ) энергетически выгодными становятся конформеры с максимальными дипольными моментами за счет диполь-дипольного взаимодействия со средой. Рассчитаны активационные барьеры реакции внутримолекулярного переноса протона при формировании изучаемых цвиттерионов в зависимости от числа молекул воды, находящихся в первой координационной сфере. Показано, что включение в дискретно-континуальную модель водного растворителя семи молекул воды, насыщающих водородные связи функциональных групп –NH3+ и –COO-, значительно понижает величину активационного барьера у глицина до 0.02 kcal/mol и у аланина до 0.09 kcal/mol.