В настоящей статье предложена методика структуризации пространственных данных в единую базу и активного их использования студентами на курсах экологических дисциплин. Методика эффективна для старших курсов экологических специальностей университетов при написании научных работ, дипломных и курсовых, а также рефератов экологического характера. Основной процедурой системного подхода при обучении студентов в курсе экологии является экологический анализ учащимися, а также геоэкологическое моделирование территории специфическими средствами ГИС, отражающих взаимосвязи в геосистемах. При этом признаки отбираются по степени их важности и ставятся в причинную связь. В результате системного подхода образуется целостный набор данных, отражающий многогранное, взаимосвязанное в своих частях, единство экосистемы, что способствует структурированию знаний и пониманий студентов, что и продемонстрировано в данной работе.