Дисфункция щитовидной железы представляет собой широко распространенную эндокринную патологию, в патогенезе которой может участвовать кишечная микробиота через двунаправленную ось «кишечник – щитовидная железа». Изучение специфических изменений толстокишечной микробиоты при различных типах тиреоидного статуса является актуальной задачей. Цель – сравнительный анализ качественного и количественного состава микробиоты толстой кишки у мужчин с впервые выявленным гипотиреозом, субклиническим гипертиреозом и эутиреозом. Проведено обследование 129 мужчин в возрасте 35–45 лет, разделенных на три группы в зависимости от тиреоидного статуса. Микробиота толстой кишки исследовалась методом полимеразной цепной реакции в реальном времени с использованием мультиплексной тест-системы «Колонофлор-16» для анализа копрофильтрата. Проводилось определение широкого спектра представителей нормофлоры, условно-патогенных и патогенных микроорганизмов толстой кишки. Проведенное исследование выявило, что измененный тиреоидный статус ассоциирован со специфическими сдвигами в составе кишечной микробиоты по сравнению с эутиреозом. Были установлены общие для дисфункции щитовидной железы изменения, а также особенности, характерные для гипо- и гипертиреоза. Обнаруженные различия затрагивают ключевые группы комменсальных микроорганизмов, участвующих в поддержании гомеостаза кишечника, таких как продуценты короткоцепочечных жирных кислот. Полученные данные согласуются с концепцией взаимного влияния эндокринной системы и микробиома. Результаты исследования демонстрируют наличие специфического дисбиоза толстой кишки, сопутствующего дисфункции щитовидной железы. Выявленные микробиотические паттерны могут рассматриваться в качестве дополнительных маркеров тиреоидного статуса и открывают перспективы для разработки адъювантных подходов к коррекции дисбиоза в комплексном ведении пациентов с патологией щитовидной железы.