В статье исследуется задача разработки алгоритма упаковки молекул воды в объеме, заданном прямоугольным параллелепипедом. Информация об оптимальной упаковке может быть использована для поиска структуры вещества, которая дает возможность выявить его химические и физические свойства. В процессе работы, был создан алгоритм, укладывающий молекулы воды в фиксированный прямоугольный параллелепипед. Была проведена реализация разработанного алгоритма в среде MATLAB. Серия численных экспериментов продемонстрировала эффективность данной программы для размещения не более тысячи молекул. Размещение молекул воды, которое было получено в ходе проведения численных экспериментов, проиллюстрировано с помощью графиков.