Существует значительная потребность в более комплексном управлении как локальными, так и кластерными системами очистки сточных вод. Комплексный подход к управлению обеспечивает учёт всех перспектив эффективного управления, включая экономические, социальные, технические и экологические аспекты. Для правильной эксплуатации и обслуживания оборудования и сооружений, в том числе мониторинга качества сточных вод, необходимы программы обучения сотрудников. Препятствия и проблемы, которые связаны с управлением сточными водами, могут быть преодолены путём соответствующего планирования и реализации политики, направленной на организацию децентрализованной системы водоотведения в городах прибрежной зоны.