В обзоре рассматриваются ряд классических и современных методов, позволяющих установить нуклеотидную последовательность неизвестных участков ДНК, фланкирующих известные. Они применяются для расшифровки регуляторных областей генов, определения сайтов встраивания Т-ДНК или вирусов и т. д., в тех случаях, когда использование полногеномного секвенирования неоправданно. Чтобы амплифицировать участок ДНК, к концу неизвестной последовательность необходимо добавить участок связывания для праймера; это реализуется либо путем лигирования адаптера, либо посадкой вырожденного праймера в мягких условиях, либо закольцовыванием фрагмента ДНК, чтобы изучаемый участок оказался окружен известными. Второй важной задачей является избавление от неизбежно возникающих продуктов неспецифического связывания адаптеров либо вырожденных праймеров — чаще всего данная проблема разрешается несколькими раундами вложенной ПЦР. Разные методы существенно отличаются по трудоемкости, распространенности и доступности необходимых реактивов.