Данная работа посвящена методике оценки решений дифференциально-разностных уравнений нейтрального типа с двумя несоизмеримыми запаздываниями в нейтральной части. Такие уравнения встречаются в задачах оптимального управления в системах с задержкой информации различной природы: запаздывания в модели динамического объекта и запаздывания в канале обратной связи. Случай соизмеримых запаздываний ранее был рассмотрен в других работах и сводился к системе с одним запаздыванием, поэтому нами был выбран случай несоизмеримых запаздываний, который следует рассмотреть отдельно. В результате работы сформулирован подход к оценке решений рассматриваемого уравнения, позволяющий на практике найти величину его перерегулирования. В дальнейшем результат можно распространить на уравнения с несколькими несоизмеримыми запаздываниями в нейтральной части, а также на случай почти периодических и разностных систем.