В данной работе представлен алгоритм синтеза системы оптимизации ресурсов для медицинских организаций с использованием имитационного моделирования мультиагентных систем (МАС). МАС может предоставить информацию о потоках пациентов, уровне укомплектованности персоналом, распределении ресурсов и безопасности пациентов. Однако создание и внедрение МАС сопряжено с определенными трудностями, такими как необходимость наличия специальных знаний и навыков. В работе обсуждаются вопросы определения оптимальных весовых коэффициентов для показателей эффективности и выбора программного обеспечения для реализации системы МАС. Теоретическая значимость заключается в разработке алгоритма для определения основных параметров и средств для синтеза системы оптимизации ресурсов медицинских организаций. Практическая значимость заключается в возможности применения разработанного алгоритма для создания работающей МАС оптимизации ресурсов конкретных медицинских организаций.