Развитие национальной инновационной системы России предполагает дифференциацию научно-технологического потенциала страны в региональном разрезе и анализ инновационных процессов на уровне региональных научно-технологических комплексов. В настоящей работе представлены методические основы оценки и факторного анализа региональных научно-технологических комплексов на основе международного опыта и стратегий развития отдельных регионов. По результатам экспериментальных расчетов с использованием методов многомерного статистического анализа получены количественные характеристики развития отдельных территорий, позволяющие осуществить качественную интерпретацию полученных результатов.