Первые раскопки навеса Мешоко состоялись в 1960-х гг. Результаты этих работ и материалы, относящиеся к некоторым другим поселениям в окрестностях, рассматривались как свидетельство синхронности майкопской и поздней энеолитической культур.
В ходе современного этапа изучения памятника выяснилось, что майкопские и энеолитические находки сконцентрированы в разных слоях. Кроме того, между ними были
зафиксированы отложения, сформировавшиеся в силу естественных причин. Стратиграфия навеса Мешоко в настоящее время насчитывает шесть основных слоев. К майкопской культуре можно отнести только третий сверху слой. Наиболее интересным
объектом, обнаруженным здесь, является очаг, дно и стенки которого были обложены
известняковыми камнями. При этом не было найдено никаких признаков жилища,
что, вероятно, указывает на временный характер поселения. Важно отметить, что зафиксированные в ходе работ немногочисленные энеолитические находки не позволяют уверенно синхронизировать время существования майкопской и энеолитической
культур. На наш взгляд, они попали в третий слой в результате устройства «майкопцами» многочисленных ям, что привело к перемещению части энеолитических материалов в вышележащие отложения. В своей массе коллекция третьего слоя связана
с майкопской культурой, скорее всего, со средним (иноземцево-костромским) этапом
ее развития. Этому выводу не противоречат данные радиоуглеродного датирования,
которые указывают на период около 3600–3000 гг. до н. э. как наиболее вероятное время формирования майкопского слоя. Навес Мешоко располагается в нижней части
горного ущелья. Это очень необычно для памятников майкопской культуры, которые,
как правило, занимают степь и равнинные участки предгорий. Также не находит близких аналогий состав палеозоологической и палеоботанической коллекций. Их анализ
свидетельствует о том, что майкопское население навеса, вероятно, жило не просто
в горах, а в горной лесной зоне и при этом было хорошо адаптировано к окружающей
природной среде.