Грибы играют важную роль в колонизации и биоповреждении каменных памятников на открытом воздухе. Это исследование существенно дополняет данные о разнообразии грибов в литобионтных сообществах за счет использования метагеномного анализа. Показано, что микобиота надгробных памятников в историческом центре Санкт-Петербурга имеет сложную структуру. Существуют разные комплексы видов, имеющих различное происхождение и пути попадания в памятники. Комплекс доминирующих грибов в САБ на мраморе и граните Санкт-Петербурга формируют темноокрашенные микромицеты. Абсолютным доминантом во всех выборках был вид Knufia karalitana по метагеномным данным и Aureobasidium pullulans по культуральным данным. Использование двух методологических подходов указывает на целесообразность сочетания культуральных и молекулярно-генетических методов, позволяющих получить наиболее полную картину формирования литобионтных сообществ. Сезон и тип биопленки имеют ключевое значение для обилия и разнообразия микромицетов на поверхности камня. Показано, что тип породы имеет минимальное значение для разнообразия грибов на каменном памятнике.