Котловина Подводников, обширная батиметрическая депрессия, занимает положение между хребтом Ломоносова и хребтом Менделеева-Альфа. Котловина ограничена с юга шельфом Восточно-Сибирского моря, а с севера - котловиной Макарова. Глубина моря в котловине Подводников колеблется от 800 м в присклоновой части до 2700 м в зоне её перехода в котловину Макарова. По своим морфологическим параметрам котловина Подводников имеет ступенчатое строение, и рассматривается как часть террасированного континентального склона в составе соответствующей континентальной окраины.
На основе анализа сейсмических данных МОВ-ОГТ южная терраса котловины Подводников делится на западную и восточную часть, разделом между ними служит отрог Геофизиков и его продолжение на юг в структуре акустического фундамента. Общая мощность осадочного чехла в котловине Подводников достигает 8 км.
Осадочный чехол котловины делится на 6 комплексов возрастом от поздней перми до голоцена. Сейсмостратиграфическая привязка основана на корреляции с данными скважины ACEX на хребте Ломоносова и с данными разведочных скважин на шельфе и на побережье Аляски. По данным геофизического моделирования, котловина Подводников представляет собой структуру с растянутой континентальной корой, с мощностью кристаллической коры от 10 до 23 км.