Паразитические плоские черви (Trematoda: Digenea) представляют собой один из самых поразительных примеров существенного морфологического разнообразия между отдельными стадиями сложного жизненного цикла. Какие гены ответственны за крайние различия в анатомии, физиологии, поведении и экологии между стадиями? Для решения этого вопроса нами был проведен сравнительный транскриптомный анализ партеногенетических и амфимиктических поколений у двух эволюционно информативных видов Digenea, принадлежащих к семейству Psilostomatidae. Нами были созданы высококачественные транскриптомы, и контрольные наборы белок-кодирующих генов, которые были использованы для анализа дифференциальной экспрессии с целью идентификации специфичных для стадий генов. Сравнительный анализ наборов генов, динамики их экспрессии и анализ обогащения онтологии генов был проведен для трех стадий жизни внутри каждого вида и между двумя видами. Установлено, что в ходе реализации сложного жизненного цикла исследованных трематод, большинство генов значительно меняют уровни своей экспрессии. Таким образом, молекулярные подписи стадий — это уникальный набор экспрессируемых генов, а также конкретные уровни их экспрессии. Наши результаты указывают на неожиданно высокий уровень пластичности в регуляции генов в ходе сложного жизненного цикла паразитических плоских червей.