Рассмотрены основы методологии, методы интегральной оценки состояния и эмерджентных свойств (продуктивность, устойчивость, экологическое благополучие) сложных природных систем. Целью исследований являлось обобщение результатов разработки и апробации моделей-классификаций интегральной оценки состояния, устойчивости наземных ландшафтов, водоемов и речных систем и затем, на следующем этапе, - интегральной оценки их системного благополучия. Объектами исследования выбраны наземные ландшафты, морские и озерные системы и системы «водоток-водосбор». Предметами исследования являются теоретико-методологические аспекты и методы построения интегральных показателей состояния (интегральный показатель продуктивности, интегральный показатель качества среды и др.), интегральных показателей устойчивости, интегральных показателей благополучия (здоровья) наземных, озерных и речных систем. Рассмотрены основы методологии оценки состояния, устойчивости и благополучия наземных и водных геосистем; алгоритмы интегральной оценки; результаты оценочных исследований: интегральная оценка трофического статуса водоемов; интегральная оценка устойчивости водоемов к изменению параметров естественного и антропогенного режимов; палеореконструкция гидроэкологических условий на шельфе моря Лаптевых на основе интегральных индексов; интегральная оценка экологического статуса и экологического благополучия водоемов, водотоков, систем «водоток-водосбор»; интегральная оценка устойчивости наземных ландшафтов; интегральная оценка устойчивости социосистемы при гипотетическом изменении качества среды на примере северных регионов России. Акцент в исследованиях сделан на разработку многокритериальных и многоуровневых классификаций для исследования эмерджентных свойств сложных систем в природе и обществе и построение интегральных показателей на основе АSPID и АPIS методов и моделей.