Статья посвящена исследованию направлений развития сектора НИОКР в системе российского медицинского высшего образования в условиях цифровизации. Проведенные исследования позволили обосновать своевременность и значимость решения проблем повышения качества оказания медицинских услуг на фоне необходимости системного овладения медицинскими работниками прорывных цифровых технологий в текущей врачебной деятельности. Это обусловливает особую важность обеспечения эффективности НИОКР в системе российского высшего медицинского образования в условиях цифровизации. Охарактеризованы основные модели организации деятельности в сфере НИОКР с учетом источников финансирования и укомплектования кадрами. На основе онлайн-опросов студенчества в Google docs по проблеме отношения к перспективе их дальнейшего участия в НИОКР во время и после окончания обучения выявлена достаточно слабая степень мотивации студентов к вовлечению в НИОКР в период обучения в университете, что обосновывается неочевидностью перспектив их денежного вознаграждения. Наряду с этим, в ходе исследований выявлена достаточно высокая степень заинтересованности студентов в овладении ими прорывных цифровых технологий в целях дальнейшего применения в медицинской практике совместно с новейшими медицинскими технологиями.