В статье представлен аналитический обзор работ отечественных и зарубежных авторов по проблеме изучения особенностей формирования микробиоты кишечника и факторов риска развития микродисбиоза у новорожденных с активацией условно патогенных бактерий (УПБ), в том числе Clostridioides difficile. Особое внимание уделено влиянию антибиотиков на состояние микробиоты кишечника и активацию токсигенных штаммов C. difficile. Приведены разнонаправленные взгляды на роль токсигенных штаммов C. difficile в развитии инфекционной патологии новорожденных.