Устойчивость к антибиотикам широко признана глобальной угрозой общественному здравоохранению, требующей поиска альтернативных противомикробных препаратов. В данной работе мы сосредоточились на ациллизине, биомиметическом полимере с доказанной антимикробной активностью. Используя компьютерное моделирование в атомном масштабе, мы показали, что связывание ациллизина с модельными бактериальными мембранами представляет собой двухэтапный процесс. Первый этап — электростатическое притяжение катионного ациллизина к анионным мембранам. Второй этап — встраивание додеканоильного N-концевого остатка ациллизина в гидрофобное ядро ​​мембраны, что превращает длинный гидрофобный остаток в молекулярный якорь и стабилизирует связывание. Было обнаружено, что этот якорь имеет решающее значение для встраивания ацил-лизиновых олигомеров с относительно короткими ацильными спейсерами (повторяющиеся звенья аминобутирил-лизина и аминооктаноил-лизина): удаление гидрофобного хвоста делает встраивание этих олигомеров в мембрану менее глубоким, что может быть связано с более низкой антимикробной активностью. В свою очередь, ацил-лизиновые олигомеры с длинными ацильными спейсерами (мономеры аминододеканоил-лизина) образуют высокоструктурированный агрегат, представляющий собой стопку внутренне упорядоченных олигомеров. Такие агрегаты существенно подавляют встраивание олигомеров в бактериальную мембрану. В целом, наши расчетные результаты предлагают интерпретацию экспериментальных данных по антимикробной активности ацил-лизина на молекулярном уровне и могут быть использованы для дальнейшей разработки антимикробных препаратов для преодоления устойчивости к антибиотикам.