• Е.Е. Лебедев
  • Д.И. Остромышенский
  • А.И. Соловьева
  • А.Л. Дроздов
  • О.И. Подгорная
  • Л.С. Адонин
Данные о прочитанном геноме пурпурного морского ежа Strongylocentrotus purpuratus были использованы для выявления транспозонов (TE, transposable elements) и проверки наличия некоторых из них в геноме серого морского ежа S. intermedius. Для дизайна праймеров и выявления соответствующих ТЕ в транскриптоме S. intermedius использованы известные TE S. purpuratus, содержащиеся в базе данных повторов RepBase. Обладающие наибольшим покрытием последовательности ТЕ из транскриптома серого морского ежа собраны на основании сравнения с аннотированными ТЕ генома пурпурного морского ежа. За рамками анализа остались ТЕ, представленные недостаточным количеством ридов (случайных фрагментов) в транскриптоме. Сделан вывод, что подход продуктивен: с помощью рассчитанных праймеров из 100 собранных ТЕ серого морского ежа удалось доказать наличие 92 ТЕ в геномной ДНК S. intermedius. Рассчитанные с помощью методов биоинформатики последовательности ТЕ присутствуют в геноме серого морского ежа и могут быть применены в дальнейшей работ
Язык оригиналарусский
Страницы (с-по)384-391
ЖурналБИОЛОГИЯ МОРЯ
Том45
Номер выпуска6
СостояниеОпубликовано - 2019

    Области исследований

  • repetitive DNA, sea urchins, Strongylocentrotus intermedius, Strongylocentrotus purpuratus, transcriptome, transposable elements, повторяющаяся ДНК, пурпурный морской еж Strongylocentrotus purpuratus, серый морской еж Strongylocentrotus intermedius, транскриптом, транспозоны

ID: 78603072