Известно, что в естественной микобиоте зерна доминируют представители родов Fusarium и Alternaria. Также очевидно, что, обитая совместно на общем субстрате, они могут влиять друг на друга. В представленном исследовании мы впервые показали, что взаимоотношения между продуцирующими токсины грибами Fusarium и Alternaria, обитающими на зерне овса Avena L., имеют симбиотический характер. Селекционные сорта и перспективные линии овса (21 генотип) разного эколого-географического происхождения, сохраняемые в мировой коллекции ВИР (Всероссийский институт генетических ресурсов растений им. Н.И. Вавилова), были оценены по зараженности грибами Fusarium и Alternaria с помощью количественной ПЦР (qPCR) и накоплению микотоксина дезоксиниваленола (ДОН). Наиболее зараженными грибами Alternaria и F. culmorum оказались генотипы Gere, Vеler, КСИ 731/01 и КСИ 432/08. Максимальные количества микотоксина (до 1179 мкг/кг) были выявлены в зерне селекционной линии КСИ 432/08, а также сортов Belinda и Конкур. Самым устойчивым к заражению грибами Alternaria и F. culmorum при минимальном накоплении ДОН оказался сорт Стиплер. Генотипы овса c более крупным зерном сильнее подвергались заражению грибами, а генотипы с высоким показателем пленчатости содержали больше ДОН. При анализе образцов зерна была выявлена высокая достоверная связь между содержанием ДНК F. culmorum и ДНК видов Fusarium spp., способных продуцировать трихотеценовые микотоксины (Tri-Fusarium) (r = +0,67, p < 0,001), а также между количеством ДНК F. culmorum и ДОН (r = +0,57, p < 0,01). При колонизации общего субстрата между различными видами Fusarium и относительно слабыми патогенами Alternaria возникают разнообразные симбиотические отношения. Мы установили достоверную положительную взаимосвязь между обилием грибов Alternaria и F. culmorum (r = +0,66, p < 0,01), а также между количеством ДНК представителей Alternaria и Tri-Fusarium (r = +0,86, p < 0,001). В выполненном нами исследовании не обнаружено аллелопатического эффекта микотоксинов гриба F. culmorum в отношении грибов Alternaria. Кроме того, не отмечалось каких-либо взаимоотношений между грибами Alternaria и наиболее часто встречающимся на зерне грибом F. poae. Несомненно, функционирование грибных сообществ зависит от условий окружающей среды, непосредственно влияющих на взаимодействия микромицетов в экологической системе