Методом нейтронной порошковой дифракции при температуре 35 К, слегка выше температуры Нееля, установлены особенности кристаллической структуры двух образцов слоистых сотовых оксидов одинакового стехиометрического состава Li2Ni2TeO6, синтезированных из прекурсоров, Na2Ni2TeO6 и K2Ni2TeO6, имеющих сходное кристаллическое строение, гексагональную пространственную группу P63/mcm, тип структуры Р2, но со значительной разницей в расстояниях между слоями. Оба образца Li2Ni2TeO6 кристаллизуются в ромбическую группу Cmca, с незначительными отличиями в параметрах элементарной решетки. Если Li2Ni2TeO6 из калиевого прекурсора однофазный, то в соединении из натриевого прекурсора обнаружено 16 вес. % дополнительной фазы с той же стехиометрией Li2Ni2TeO6, но более деформированной, с моноклинными искажениями, описываемыми пространственной группой С2/m.