В данной работе приведены результаты исследования системе озер Вельё-Пестовское, где преобладали три вида надотряда Cladocera (P. pediculus, D. Branchyurum и B. longinostris). По данным гидрохимического анализа, вода восточной части берега озера Вельё характеризовалась III классом качества. Вода остальных водоемов была отнесена к I-II классу качества. На основании гидробиологических данных, гидроэкосистемы озер Вельё-Пестовское отнесены к β-мезосапробному типу. Несмотря на то, что вода большинства станций отнесена к чистым по гидрохимическим параметрам, сообщества мезопланктона системы озер Вельё-Пестовское характерны для воды среднего уровня загрязнения. Отмечена корреляция (R2=0.40) между повышенным индексом загрязнения воды и уменьшением биомассы мезопланктона, что подчеркивает отрицательное влияние источников загрязнения на кормовую базу ихтиофауны.