TY - JOUR

T1 - Поиск генных вариантов, влияющих на тяжесть течения COVID-19, на основе результатов секвенирования клинического экзома

AU - Апалько, С. В.

AU - Ностаева, А. В.

AU - Шиманский, В. С.

AU - Сушенцева, Н. Н.

AU - Попов, О. С.

AU - Анисенкова, А. Ю.

AU - Мосенко, С. В.

AU - Глотов, О. С.

AU - Сарана, А. М.

AU - Щербак, С. Г.

PY - 2024/7/1

Y1 - 2024/7/1

N2 - Обоснование. Генетика человека является одним из факторов, определяющих тяжесть течения COVID-19. Ранее в широкомасштабном полногеномном исследовании ассоциаций COVID-19 HG project (COVID-19 Host Genetics Initiative, 2021), рассматривалась связь генетических вариантов, включающих множество локусов, с тяжестью течения COVID-19. Ожидается, что генетические варианты, оказывающие наибольшее влияние на тяжесть течения COVID-19, будут иметь низкую частоту в популяции. Таким образом, изучение редких вариантов может дать дополнительные сведения о патогенезе заболевания и, следовательно, помочь в разработке способов профилактики и лечения. Цель — проведение репликационного анализа для поиска генов, обогащенных редкими генетическими вариантами в отношении тяжести течения COVID-19. Методы. В данном исследовании было проведено секвенирование клинического экзома российской когорты пациентов на базе СПб ГБУЗ «Городская больница № 40» и СПбГУ. В исследовании использовался биоматериал пациентов, госпитализированных в СПб ГБУЗ «Городская больница № 40» с диагнозом COVID-19, и здоровые люди, вошедшие в группу популяционного контроля. Тяжесть течения COVID-19 определялась по результатам компьютерной томографии легких. Список генов для последующей репликации был сформирован в результате анализа литературы. Репликационный анализ генов, ассоциированных с тяжестью течения COVID-19, был выполнен с помощью методов нагрузочного тестирования (burden test). Результаты. Было проведено секвенирование 701 клинического экзома: 263 пациентов с тяжелым течением COVID-19 и 438 здоровых испытуемых. В результате анализа литературы было найдено 18 генов, ассоциированных с тяжелым течением COVID-19, которые вошли в репликационный анализ. Репликационный анализ не выявил генов, ассоциация которых с тяжелым течением COVID-19 подтвердилась бы на исследуемой когорте. Заключение. Несмотря на то, что генов, для которых была бы найдена значимая ассоциация между обогащением функциональными вариантами и тяжестью течения COVID-19, обнаружено не было, рассчитанное направление корреляционной связи совпадает с данными ранее проведенных исследований. Малый размер анализируемой выборки является очевидным ограничением нашего исследования. Расширение исследуемой когорты приведет к усилению мощности тестов и позволит обнаружить дополнительные редкие варианты, влияющие на тяжесть течения COVID-19.

AB - Обоснование. Генетика человека является одним из факторов, определяющих тяжесть течения COVID-19. Ранее в широкомасштабном полногеномном исследовании ассоциаций COVID-19 HG project (COVID-19 Host Genetics Initiative, 2021), рассматривалась связь генетических вариантов, включающих множество локусов, с тяжестью течения COVID-19. Ожидается, что генетические варианты, оказывающие наибольшее влияние на тяжесть течения COVID-19, будут иметь низкую частоту в популяции. Таким образом, изучение редких вариантов может дать дополнительные сведения о патогенезе заболевания и, следовательно, помочь в разработке способов профилактики и лечения. Цель — проведение репликационного анализа для поиска генов, обогащенных редкими генетическими вариантами в отношении тяжести течения COVID-19. Методы. В данном исследовании было проведено секвенирование клинического экзома российской когорты пациентов на базе СПб ГБУЗ «Городская больница № 40» и СПбГУ. В исследовании использовался биоматериал пациентов, госпитализированных в СПб ГБУЗ «Городская больница № 40» с диагнозом COVID-19, и здоровые люди, вошедшие в группу популяционного контроля. Тяжесть течения COVID-19 определялась по результатам компьютерной томографии легких. Список генов для последующей репликации был сформирован в результате анализа литературы. Репликационный анализ генов, ассоциированных с тяжестью течения COVID-19, был выполнен с помощью методов нагрузочного тестирования (burden test). Результаты. Было проведено секвенирование 701 клинического экзома: 263 пациентов с тяжелым течением COVID-19 и 438 здоровых испытуемых. В результате анализа литературы было найдено 18 генов, ассоциированных с тяжелым течением COVID-19, которые вошли в репликационный анализ. Репликационный анализ не выявил генов, ассоциация которых с тяжелым течением COVID-19 подтвердилась бы на исследуемой когорте. Заключение. Несмотря на то, что генов, для которых была бы найдена значимая ассоциация между обогащением функциональными вариантами и тяжестью течения COVID-19, обнаружено не было, рассчитанное направление корреляционной связи совпадает с данными ранее проведенных исследований. Малый размер анализируемой выборки является очевидным ограничением нашего исследования. Расширение исследуемой когорты приведет к усилению мощности тестов и позволит обнаружить дополнительные редкие варианты, влияющие на тяжесть течения COVID-19.

KW - Коронавирусная инфекция

KW - COVID-19

KW - секвенирование

KW - экзом

KW - мутации

KW - гены

UR - https://www.mendeley.com/catalogue/a4bdeeec-7987-37a1-83a8-fc5d80caeb18/

U2 - 10.17816/gc624810

DO - 10.17816/gc624810

M3 - статья

VL - 19

SP - 245

EP - 254

JO - Гены и клетки

JF - Гены и клетки

SN - 2313-1829

IS - 2

ER -