Ковариационная матрица шума, квадратный корень из диагонали которой традиционно именуется радиометрическим шумом NESR, является одной из основных характеристик гиперспектральной инфракрасной аппаратуры и используется при “обращении” спектральных данных и оценке искомого состояния вектора атмосферы. В настоящей работе впервые представлены результаты исследования ковариационной матрицы шума в измерениях инфракрасного фурье-спектрометра ИКФС-2, более 6 лет успешно функционирующего на орбите в составе КА “Метеор-М” № 2. Рассмотрены основные факторы, приводящие к корреляции шума в спектральных каналах, связанные как со свойствами шума в измеряемых прибором интерферограммах, так и с особенностями процедуры первичной обработки. Экспериментальная оценка ковариационной матрицы шума в выходных спектрах ИКФС-2 выполнена тремя различными способами: 1) по измерениям опорных источников излучения; 2) по измеряемым спектрам атмосферы; 3) по мнимой части калиброванных спектров атмосферы. Полученные результаты экспериментальной оценки согласуются с расчетом и могут быть использованы в задачах тематической обработки и усвоения данных ИКФС-2 в моделях численного прогноза погоды Росгидромета.