Программная реализация метода корректного построения ячейки моделирования для молекулярно-динамических расчетов в среде Amber

Standard

Программная реализация метода корректного построения ячейки моделирования для молекулярно-динамических расчетов в среде Amber. / Евдокимов, Данил; Лебеденко, Ольга Олеговна.

XV Конгресс молодых ученых ИТМО. НИУ ИТМО, 2026. стр. 1-2.

Результаты исследований: Публикации в книгах, отчётах, сборниках, трудах конференций › статья в сборнике › научная › Рецензирование

BibTeX

@inbook{54c15d48490b4198bdcddaa4e98af434,

title = "Программная реализация метода корректного построения ячейки моделирования для молекулярно-динамических расчетов в среде Amber",

abstract = "В работе проведён анализ исходного кода процедуры построения усеченно-октаэдрической ячейки моделирования в среде AMBER и выявлены проблемы реализации, влияющие на корректность построения ячейки. Реализована корректная процедура масштабирования, обеспечивающая согласованное изменение линейных размеров расчетной ячейки, применена стандартизованная функция оценки габаритов белковой молекулы, исправлена формула расстояния до граней и модифицирован алгоритм построения изотропной ячейки. Реализация выполнена в исходном коде программного комплекса с сохранением совместимости вычислительных сценариев. Модифицированный алгоритм обеспечивает корректное построение ячейки и устранение случаев некорректной сольватации.",

keywords = "Молекулярная динамика, Amber",

author = "Данил Евдокимов and Лебеденко, {Ольга Олеговна}",

year = "2026",

month = apr,

day = "10",

language = "русский",

pages = "1--2",

booktitle = "XV Конгресс молодых ученых ИТМО",

publisher = "НИУ ИТМО",

address = "Российская Федерация",

note = "XV Конгресс молодых ученых ; Conference date: 06-04-2026 Through 10-04-2026",

url = "https://kmu.itmo.ru/ru",

}

RIS

TY - CHAP

T1 - Программная реализация метода корректного построения ячейки моделирования для молекулярно-динамических расчетов в среде Amber

AU - Евдокимов, Данил

AU - Лебеденко, Ольга Олеговна

PY - 2026/4/10

Y1 - 2026/4/10

N2 - В работе проведён анализ исходного кода процедуры построения усеченно-октаэдрической ячейки моделирования в среде AMBER и выявлены проблемы реализации, влияющие на корректность построения ячейки. Реализована корректная процедура масштабирования, обеспечивающая согласованное изменение линейных размеров расчетной ячейки, применена стандартизованная функция оценки габаритов белковой молекулы, исправлена формула расстояния до граней и модифицирован алгоритм построения изотропной ячейки. Реализация выполнена в исходном коде программного комплекса с сохранением совместимости вычислительных сценариев. Модифицированный алгоритм обеспечивает корректное построение ячейки и устранение случаев некорректной сольватации.

AB - В работе проведён анализ исходного кода процедуры построения усеченно-октаэдрической ячейки моделирования в среде AMBER и выявлены проблемы реализации, влияющие на корректность построения ячейки. Реализована корректная процедура масштабирования, обеспечивающая согласованное изменение линейных размеров расчетной ячейки, применена стандартизованная функция оценки габаритов белковой молекулы, исправлена формула расстояния до граней и модифицирован алгоритм построения изотропной ячейки. Реализация выполнена в исходном коде программного комплекса с сохранением совместимости вычислительных сценариев. Модифицированный алгоритм обеспечивает корректное построение ячейки и устранение случаев некорректной сольватации.

KW - Молекулярная динамика

KW - Amber

M3 - статья в сборнике

SP - 1

EP - 2

BT - XV Конгресс молодых ученых ИТМО

PB - НИУ ИТМО

T2 - XV Конгресс молодых ученых

Y2 - 6 April 2026 through 10 April 2026

ER -

ID: 153689100