Рассматривается возможность использования композитных индексов для: 1- оценки воздействия на водный объект по результатам имитационного моделирования; 2 - проверки адекватности результатов системного моделирования по данным натурных наблюдений и имитационного моделирования; 3 - выявления способности системы сохранить класс состояния после оказанного на водную экосистему воздействия на основе статистических критериев оценки близости рядов. На двух авторских многокомпонентных имитационных моделях, описывающих биогеохимические циклы углерода, азота, фосфора и других элементов и динамику кислорода в водной экосистеме выполнена серия из 8 экспериментов, позволяющих оценить допустимое воздействие и сезонные эффекты его проявления на основе изменения системой: 1- способности продуцировать органическое вещество; 2 - изменять качество и токсическое загрязнение после оказанного воздействия. В экспериментах с воздействием рассматриваются особенности среднегодового и сезонного изменения значений субиндексов эмерджентных свойств модельной системы. На основе статистических критериев близости рядов для компонентов модели до и после воздействия по величинам субиндексов делается вывод о возможности сохранения системой класса, в котором она пребывала до воздействия или перехода системы после воздействия в другой класс в определенный временной интервал и инвариантности некоторых компонентов водной экосистемы по отношению к оказанному воздействию. В результате анализа полученных значений традиционных статистических индексов, которые были использованы для выявления изменений в поведении компонентов системы и системных свойств после оказанного воздействия, получено, что некоторые компоненты можно охарактеризовать, как более чувствительные или наоборот - инвариантные, часто остающиеся неизменными по отношению к воздействию определенного типа на водную экосистему. Во всех случаях это зависит от величины и специфики воздействия на экосистему. Разные системные трансформации проявляются с разной скоростью или требуют разного времени для формирования отклика на воздействие.